首先明確病假工資扣發的工資基數。根據勞動合同或集體合同的約定，病假工資應不低于勞動合同約定的勞動者所在崗位的工資標準，若集體合同確定的標準更高，則按集體合同標準。若無約定，則需通過工資集體協商確定，協商結果簽訂工資集體協議。
工資基數確定后，計算病假工資時，職工的工資應為正常情況下實得工資的70%。職工的日工資即實得工資的70%除以計薪日數20.92。
病假工資的計算方式分兩部分，一是患病休假在6個月內的病假工資，二是患病休假超過6個月的疾病救濟費。患病休假在6個月內的病假工資按職工連續工齡劃檔計算：連續工齡小于2年者，病假日工資按日平均工資的60%計發；連續工齡2年至4年者，病假日工資按日平均工資的70%計發；連續工齡4年至6年者，病假日工資按日平均工資的80%計發；連續工齡6年至8年者，病假日工資按日平均工資的90%計發；連續工齡8年以上者，病假日工資按日平均工資的100%計發。
患病休假超過6個月的疾病救濟費，按職工連續工齡劃檔計算：連續工齡小于1年者，病假期間工資按月工資收入的40%計發；連續工齡1年至3年者，病假期間工資按月工資收入的50%計發；連續工齡3年以上者，病假期間工資按月工資收入的60%計發。
值得注意的是，病假期內如有法定節假日或休息日，應予以剔除。此外，患病停工6個月以上的職工，如疾病救濟費低于本企業職工月平均工資40%，應按40%標準計發，但不能高于月工資。另外，還需符合上海市勞動和社會保障局的相關規定，即企業支付疾病休假期間的病假工資或疾病救濟費不得低于當年本市企業職工最低工資標準的80%。

公司員工長期病假發工資如下：
1、員工連續工齡不滿2年的，按本人工資的60%計發；
2、員工連續工齡滿2年不滿4年的，按本人工資的70%計發；
3、員工連續工齡滿4年不滿6年的，按本人工資的80%計發；
4、連續工齡滿6年不滿8年的，按本人工資的90%計發；
5、連續工齡滿8年及以上的，按本人工資的100%計發；
員工疾病或非因工負傷連續休假在6個月以上的，由企業支付疾病救濟費，不再按照上述標準支付。
公司員工長期病假所需材料：
1、請病假必須有國家醫療單位出具的診斷證明（及相關病歷材料等）和病假條；
2、為了嚴格病假管理制度，企業往往會對出具病假條的醫療單位資質作出一些特殊要求。有些企業為了遏制“小病大養、無病裝病”的現象，還實行了定點醫院制度，要求員工必須在指定醫院就診，否則不予批準病假。對沒有履行請假程序即離崗休息的員工，企業一般會認為員工擅自缺勤，可以根據不同情況作為事假或曠工處理。不過，根據新法規，公司這樣的規章損害了員工享受基本醫療保險的權利，是無效的，因為職工可以到本地與本單位建立醫療保險結算關系的所有醫療機構就診；
3、也就是說這個診斷證明必須是：職工在本地與本單位建立醫療保險結算關系的醫療機構就診后出具。跟本單位沒有結算關系的或者外地的醫療機構出具的診斷證明是不可以的。
綜上所述，員工長期休病假，用人單位可按照低于當地最低工資標準、但高于當地最低工資標準的百分之八十的數額來開工資。至于具體的病假工資數額則由單位依法來確定。
【法律依據】：
《上海市企業工資支付辦法》九
企業安排勞動者加班的，應當按規定支付加班工資。勞動者在依法享受婚假、喪假、探親假、病假等假期期間，企業應當按規定支付假期工資。
加班工資和假期工資的計算基數為勞動者所在崗位相對應的正常出勤月工資，不包括年終獎，上下班交通補貼、工作餐補貼、住房補貼，中夜班津貼、夏季高溫津貼、加班工資等特殊情況下支付的工資。
加班工資和假期工資的計算基數按以下原則確定：
（一）勞動合同對勞動者月工資有明確約定的，按勞動合同約定的勞動者所在崗位相對應的月工資確定；實際履行與勞動合同約定不一致的，按實際履行的勞動者所在崗位相對應的月工資確定。
（二）勞動合同對勞動者月工資未明確約定，集體合同（工資專項集體合同）對崗位相對應的月工資有約定的，按集體合同（工資專項集體合同）約定的與勞動者崗位相對應的月工資確定。
（三）勞動合同、集體合同（工資專項集體合同）對勞動者月工資均無約定的，按勞動者正常出勤月依照本辦法第二條規定的工資（不包括加班工資）的70%確定。
加班工資和假期工資的計算基數不得低于本市規定的最低工資標準。法律、法規另有規定的，從其規定。

連續病假工資的計算方法因工齡而異，具體如下：
對于疾病或非因工負傷連續休假在6個月以內的職工，工資計算方式如下：
若連續工齡不滿兩年，病假工資為本人工資的60%；
連續工齡滿兩年不滿四年，病假工資為本人工資的70%；
連續工齡滿四年不滿六年，病假工資為本人工資的80%；
連續工齡滿六年不滿八年，病假工資為本人工資的90%；
連續工齡滿八年及以上，病假工資為本人工資的100%。
而對于疾病或非因工負傷連續休假超過6個月的職工，工資計算方式如下：
若連續工齡不滿一年，疾病救濟費為本人工資的40%；
連續工齡滿一年不滿三年，疾病救濟費為本人工資的50%；
連續工齡滿三年及以上，疾病救濟費為本人工資的60%。
以上工資計算方法適用于不同工齡的職工。
需要注意的是，上述計算方法適用于疾病或非因工負傷的連續休假情況，具體計算時還需根據職工的實際工資水平進行調整。
在實際應用中，企業可能還會結合當地政策和具體規定對病假工資進行調整。
此外，對于不同行業和地區的具體計算方式可能會有所不同，建議職工在遇到病假工資問題時咨詢人力資源部門或查閱相關政策文件。