農民工的工資保證金，由工程建設領域的施工總承包單位來交。該單位應當在銀行設立賬戶并按照工程施工合同額的一定比例來存儲保證金。但是工資保證金也可以依法用銀行類金融機構出具的銀行保函來替代。
農民工工資的保證金一般都是由施工單位交的。農民工工資保證金，是指在工程開工之前，由建設工程項目審批行政部門負責通知，并監督建設單位按照工程合同價款的一定比例向銀行專戶存儲的工資專項資金。
法律客觀：《保障農民工工資支付條例》
第二十四條
建設單位應當向施工單位提供工程款支付擔保。建設單位與施工總承包單位依法訂立書面工程施工合同，應當約定工程款計量周期、工程款進度結算辦法以及人工費用撥付周期，并按照保障農民工工資按時足額支付的要求約定人工費用。人工費用撥付周期不得超過1個月。建設單位與施工總承包單位應當將工程施工合同保存備查。
《保障農民工工資支付條例》
第二十六條
施工總承包單位應當按照有關規定開設農民工工資專用賬戶，專項用于支付該工程建設項目農民工工資。
《保障農民工工資支付條例》
第二十四條
建設單位應當向施工單位提供工程款支付擔保。
建設單位與施工總承包單位依法訂立書面工程施工合同，應當約定工程款計量周期、工程款進度結算辦法以及人工費用撥付周期，并按照保障農民工工資按時足額支付的要求約定人工費用。人工費用撥付周期不得超過1個月。
建設單位與施工總承包單位應當將工程施工合同保存備查。
《保障農民工工資支付條例》
第二十六條
施工總承包單位應當按照有關規定開設農民工工資專用賬戶，專項用于支付該工程建設項目農民工工資。
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