1. 公安機關：負責刑事案件的偵查工作，包括廣義上的其他偵查機關，如國家安全機關、監獄、軍隊保衛部門及海關緝私部門。這些機關在上下級間存在領導與被領導的關系。
2. 人民檢察院：作為國家的法律監督機關，在刑事訴訟中擔任公訴機關和監督機關的角色。檢察機關之間上下級關系是領導與被領導的關系。
3. 人民法院：作為國家審判機關，具有審理和判決有罪的唯一權力。法院相對獨立，與上級之間的關系是指導與被指導、監督與被監督的關系。
4. 上述專門機關根據法律規定，各自履行職責，在刑事訴訟的各個階段行使不同的權力，承擔特定職能，確保訴訟活動有序、高效進行。
5. 這些機關雖各自行使職權，但共同目標是為了保障國家安全和社會公共安全。
【法律依據】
- 《中華人民共和國刑事訴訟法》第六條：人民法院、人民檢察院和公安機關進行刑事訴訟，必須依靠群眾，必須以事實為根據，以法律為準繩。所有公民在適用法律上平等，法律面前不允許有任何特權。
- 第七條：人民法院、人民檢察院和公安機關在刑事訴訟中應分工負責，互相配合，互相制約，以確保準確有效地執行法律。
- 第八條：人民檢察院依法對刑事訴訟實行法律監督。

刑事訴訟法專門機關具體包括四個組成部分：公安機關、檢察機關、審判機關和國家安全機關。各自職責如下：
1. 公安機關：作為國家行政機關，負責治安保衛工作。在刑事訴訟中，主要負責偵查、拘留、執行逮捕和預審，扮演控訴職能角色。
2. 檢察機關：為法律監督機關，由最高人民檢察院、地方各級人民檢察院和專門人民檢察院組成。下級檢察院受上級領導。主要負責檢察、批準逮捕和受理案件的偵查工作。
3. 審判機關：代表國家行使審判權的司法機關。在審判階段，法院始終處于主導地位，負責主持和指揮全部訴訟活動并作出裁決。由最高人民法院、地方各級人民法院和專門人民法院組成。下級法院受上級監督。
4. 國家安全機關：國家的安全保衛機關，負責國家安全工作。根據法律規定，承擔間諜、特務案件的偵查工作。在刑事訴訟中，國家安全機關行使與公安機關相同的職權，明確了其地位和職權。