通過扣繳義務人申報：這種是向單位申報個人信息，每個月稅務機關會把專項附加扣除相關信息全量推送至單位，單位可以從代扣繳軟件獲取員工已經報送的專項附加扣除信息，并從中計算出員工應預扣預繳的稅款，再向稅務機關辦理全員全額納稅申報。

綜合所得年度自行申報：這種是直接向稅務機關申報，即每個月單位發放工資時正常扣稅，然后由納稅人自行在第二年去稅務機關辦理匯算清繳，并將有關信息提供給稅務機關，讓稅務部門其辦理退稅。

擴展資料：

注意事項：

對納稅人隨意變更申報地點，又不報原主管稅務機關備案的行為，現行辦法沒有規定如何處理。在實踐中，選擇納稅地點容易被納稅人作為逃避納稅義務的手段，也易導致地區間稅收惡性競爭。如果納稅人變更申報地點不報原主管稅務機關備案，原主管稅務機關也無法按規定將納稅人的信息傳遞給新的主管稅務機關。

由于稅務機關內部有征收、管理、稽查等多個環節，納稅人的收入信息在各環節資料的移送過程中隨時都有泄密的可能。納稅人的信息資料若被外人知悉并被惡意利用，將會給納稅人以及扣繳義務人造成損失。對此盡管《辦法》有規定但缺乏具體的操作規范，納稅人難以進行有效監督。

參考資料來源：百度百科-個稅申報

參考資料來源：人民網-個人所得稅如何自行申報？

個人收入如果只有工資薪金類選擇通過扣繳義務人申報。通過遠程辦稅端直接向稅務機關提交信息，但仍希望在扣繳單位辦理專項附加扣除的。這時，稅務機關將根據納稅人的選擇，把專項附加扣除相關信息全量推送至單位，單位在使用扣繳端軟件時，在“專項附加扣除信息采集”模塊，選擇需要同步的專項扣除項目，點擊更新，即可以獲取員工已經報送的專項附加扣除信息。

扣繳單位根據大家提交的專項附加扣除信息，按月計算應預扣預繳的稅款，向稅務機關辦理全員全額納稅申報。如果未能及時報送，也可在以后月份補報，由單位在當年剩余月份發放工資時補扣，不影響大家享受專項附加扣除。

法律依據：

《國務院關于印發個人所得稅專項附加扣除暫行辦法的通知》第二十五條：納稅人首次享受專項附加扣除，應當將專項附加扣除相關信息提交扣繳義務人或者稅務機關；

扣繳義務人應當及時將相關信息報送稅務機關，納稅人對所提交信息的真實性、準確性、完整性負責。專項附加扣除信息發生變化的，納稅人應當及時向扣繳義務人或者稅務機關提供相關信息。

前款所稱專項附加扣除相關信息，包括納稅人本人、配偶、子女、被贍養人等個人身份信息，以及國務院稅務主管部門規定的其他與專項附加扣除相關的信息。

本辦法規定納稅人需要留存備查的相關資料應當留存五年。