員工有重大疾病是否可以辭退，需視情況而定：
1、勞動者病假期間，如果醫療期內，公司不能辭退員工。用人單位單方面解除與勞動者的勞動合同屬于違法解除，勞動者可以申請勞動仲裁，要求該用人單位支付賠償金和醫療補助金；
2、勞動者病假期間，如果已過醫療期，那么單位是可以以員工疾病無法勝任工作而辭退該員工，用人單位選擇與勞動者解除勞動合同，屬于合法解除，但是用人單位需要支付勞動者經濟補償金和醫療補助金。
3、企業職工因患病或非因工負傷，需要停止工作醫療時，根據本人實際參加工作年限和在本單位工作年限，給予三個月到二十四個月的醫療期。
企業辭退員工需要支付經濟補償金的情形：
1、經勞動合同當事人協商一致，由用人單位解除勞動合同的，經濟補償按勞動者在本單位工作的年限，每滿一年支付一個月工資的標準向勞動者支付。六個月以上不滿一年的，按一年計算；不滿六個月的，向勞動者支付半個月工資的經濟補償；
2、勞動者患病或者非因工負傷，經勞動鑒定委員會確認不能從事原工作、也不能從事用人單位另行安排的工作而解除勞動合同的，用人單位應按其在本單位的工作年限，每滿一年支付一個月工資的標準向勞動者支付；
3、勞動者不勝任工作，經過培訓或者調整工作崗位仍不能勝任工作，由用人單位解除勞動合同的，用人單位應按其在本單位工作的年限，工作時間每滿一年，發給相當于一個月工資的經濟補償金；
4、勞動合同訂立時所依據的客觀情況發生重大變化，致使原勞動合同無法履行，經當事人協商不能就變更勞動合同達成協議，由用人單位解除勞動合同的，用人單位按勞動者在本單位工作的年限，每滿一年支付一個月工資的標準向勞動者支付；
5、用人單位瀕臨破產進行法定整頓期間或者生產經營狀況發生嚴重困難，必須裁減人員的，用人單位按被裁減人員在本單位工作的年限支付經濟補償金。每滿一年支付一個月工資的標準向勞動者支付。
綜上所述，如果勞動者嚴重違反用人單位的規章制度，用人單位可以隨時通知勞動者解除勞動合同，這也叫過失性解除勞動合同。在這種情況下，用人單位如果提出解除勞動合同，可以不支付經濟補償金。
【法律依據】：
《中華人民共和國勞動合同法》第四十條
無過失性辭退 有下列情形之一的，用人單位提前三十日以書面形式通知勞動者本人或者額外支付勞動者一個月工資后，可以解除勞動合同：
（一）勞動者患病或者非因工負傷，在規定的醫療期滿后不能從事原工作，也不能從事由用人單位另行安排的工作的；
（二）勞動者不能勝任工作，經過培訓或者調整工作崗位，仍不能勝任工作的；
（三）勞動合同訂立時所依據的客觀情況發生重大變化，致使勞動合同無法履行，經用人單位與勞動者協商，未能就變更勞動合同內容達成協議的。