在處理刑事案證據不足的案件時，法律流程與處理方式具有一定的層次性。首先，在偵查階段，若發現證據不足，將直接撤銷案件。其次，進入檢察院審查起訴階段時，若證據不足，檢察院將做出不起訴的決定。在法院審判階段，證據不足的案件，法院將判處無罪。這一系列處理程序，依據《刑事訴訟法》第一百六十二條，強調了在案件移送至檢察院前，需要確保犯罪事實清晰，證據確實、充分，否則檢察院有權決定不起訴。若案件需進行二次補充偵查，而檢察院仍認為證據不足，不符合起訴條件，則必須作出不起訴的決定。總的來說，對于證據不足的案件，法律提供了明確的處理機制，確保了司法公正與案件處理的嚴格性。

依據我國相關法律的規定，犯罪嫌疑人不認罪的，并且犯罪證據不足的，偵查機關可以補充偵查，如果補充偵查后證據還是不足的，作出不起訴決定。
證據不足認定方法
1、個別判斷，逐個審查。即要對案件的每一個證據的證據力和證明力加以確定，緊緊抓住判斷每一個證據的標準，也就是客觀性，關聯性和合法性這項標準，加以權衡，不符合標準的應視為證據不足;
2、運用比較、鑒別、分析的方法，進行綜合判斷，排除矛盾，凡是矛盾沒有得到排除，即可視為證據不足;
3、實物檢驗的方法，又稱實物驗證法則。按照唯物主義的基本立場和觀點，案件中所有的言詞證據，都要有實物證據驗證，作到言之有物，即使沒有收集到實物證據，也要把各種言詞證據中所涉及到的人、財、物的來源和去向加以說明。
不簽認罪認罰書的后果是：
1、可能會影響法院對犯罪嫌疑人、被告人刑罰的裁量；
2、一般情況下簽認罪認罰書可以從寬處罰，但不簽也不會加重量刑；
3、符合法定情形的也可以不簽認罪認罰書。
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【法律依據】：
《中華人民共和國刑事訴訟法》第一百七十五條
人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料;認為可能存在本法第五十六條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。
人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。
對于補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院重新計算審查起訴期限。
對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。

依據相關法律階段的差異，對于證據不足的刑事案件，可采取三種處理方式與程序：
首先，如經公安機關初次調查取證，發現無充分證據證實嫌疑人存在犯罪行為，則公安機關有權不予立案或撤回立案申請，釋放被拘留人員，終結法律程序；
其次，在證據匱乏、嫌疑人被強行羈押的情況下，檢察院將不批捕，嫌疑人亦無需移交檢察院審查起訴，一年后，待取保候審期限結束，解除對嫌疑人的強制措施，嫌疑人將不再面臨審判及判刑；
最后，若已向法院提起訴訟且證據不足，法院將依法做出無罪裁決。
【法律依據】
《刑事訴訟法》第一百七十五條，人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料；認為可能存在本法第五十六條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。 
 人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。
對于補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。
補充偵查以二次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院重新計算審查起訴期限。
對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。