公司惡意扣發已發放薪資，無疑屬違法行為，然而，是否屬于違法還需視具體情況而定。
在雙方未達成合理解釋時，公司的扣除行為應被視為非法。
您可嘗試同公司進行溝通，了解扣款的具體原因及相關信息。
若協商未果，建議您尋求勞動監管部門或勞動爭議仲裁機構的幫助。
在此過程中，務必做好相關證據的搜集工作，如勞動合同、工資單據、出勤記錄等。
無論何種情況，法律都將堅定地維護您的合法薪資權益。

企業惡意克扣薪資，屬嚴重違規行為。依據《勞動法》等法律法規之規定，用人單位須按時足額發放員工薪酬。若無故扣除，員工有權利索要解釋并要求補償工資。如企業拒不糾正，員工可先與其溝通協商；若仍未能達成共識，則可向勞動監察部門舉報投訴，要求其勒令整改。此外，也可向勞動爭議仲裁委員會提出申訴，對仲裁結果不滿者，還可向法院提起訴訟。總之，員工的合法勞動所得應受到法律保護，任何形式的惡意克扣都是不被容許的。

公司私自扣員工工資的，可以通過以下方式解決：
1、可以向本單位勞動爭議調解委員會申請調解，調解成功的，用人單位應當按照調解協議的內容向勞動者支付克扣的工資；
2、可以去勞動仲裁委員會申請仲裁，由仲裁庭根據審理結果作出裁決，雙方當事人都認可裁決的，用人單位應當按照裁決書的內容支付克扣的工資，對裁決結果不服的，可以去人民法院提起民事訴訟，人民法院依法審理后，會根據審理情況作出判決，讓用人單位向勞動者支付克扣的勞動報酬；
3、可以去勞動行政部門進行投訴，查證屬實后，勞動行政部門會責令用人單位盡快向勞動者給付克扣的工資，逾期未支付的，會責令用人單位按應付金額百分之五十以上百分之一百以下的標準向勞動者加付賠償金。
法律依據：《中華人民共和國勞動法》第七十九條
勞動爭議發生后，當事人可以向本單位勞動爭議調解委員會申請調解；調解不成，當事人一方要求仲裁的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁。當事人一方也可以直接向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁。對仲裁裁決不服的，可以向人民法院提起訴訟。
第九十一條
用人單位有下列侵害勞動者合法權益情形之一的，由勞動行政部門責令支付勞動者的工資報酬、經濟補償，并可以責令支付賠償金：
（一）克扣或者無故拖欠勞動者工資的；
（二）拒不支付勞動者延長工作時間工資報酬的；
（三）低于當地最低工資標準支付勞動者工資的；
（四）解除勞動合同后，未依照本法規定給予勞動者經濟補償的。