處理農村拆遷補償款糾紛的方式是：
1、行政復議，認為行政主體的具體行政行為侵犯其合法權益，依法向法定的行政復議機關提出復議申請；
2、民事訴訟，可以起訴民事侵權，要求停止侵害、賠償損失、恢復原狀；
3、協調裁決，由縣級以上地方人民政府協調；協調不成的，由批準征用土地的人民政府裁決。

《中華人民共和國民事訴訟法》
第一百一十九條
起訴必須符合下列條件：
（一）原告是與本案有直接利害關系的公民、法人和其他組織；
（二）有明確的被告；
（三）有具體的訴訟請求和事實、理由；
（四）屬于人民法院受理民事訴訟的范圍和受訴人民法院管轄。

法律分析：1、如果是和征收方的外部糾紛，可以通過談判、申請協調、裁決、行政復議、行政訴訟等途徑來解決。

2、如果是內部分配糾紛，則主要通過協商解決，協商不成的，可以訴訟到法院，請法院來判決。

法律依據：《國有土地上房屋征收與補償條例》第二十六條規定：被征收人對補償決定不服的，可以依法申請行政復議，也可以依法提起行政訴訟。