現役軍人注冊公司是違反相關法律法規的根據《中國人民解放軍內務條令》第一百二十七條規定軍人不得經商不得從事本職以外的其他職業和傳銷、有償中介活動等因此現役軍人如果注冊公司將會面臨以下后果：

首先現役軍人將受到部隊內部紀律處分這可能包括警告、嚴重警告、記過、記大過、降職、撤職等處罰。

其次如果情節嚴重還可能觸犯《中華人民共和國刑法》構成犯罪的情況將依法追究刑事責任。

此外現役軍人注冊的公司將被工商行政管理部門查處包括但不限于撤銷公司登記、吊銷營業執照等行政處罰。

最后現役軍人因違規經商可能還會面臨社會信譽和名譽損失影響個人的職業生涯和發展前景。

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法律分析：首先部隊條例明文禁止部隊在編軍人做生意搞副業，其次只要不影響工作，利用業余不占用軍隊資源人員的情況下，部隊也沒法干涉這屬于私事，基本屬于民不舉官不究，當然了前提是不要總是請假影響本職工作，否則對于目前暫時沒有不良影響但對于長遠還是有隱患的。最后軍隊對于隨軍家屬經商是鼓勵的也是贊成的，只要不是軍人職權范圍和家屬形成利益輸送關系，利用軍用設施就沒有問題。

法律依據：《中國人民解放軍內務條令》

第一百一十四條 軍人不得經商,不得從事本職以外的其他職業和有償中介活動。

第一百一十五條 軍隊單位不得以部隊番號、代號從事以營利為目的的活動,不得違反有關規定為地方單位或者個人提供不正當的服務和保護。