農民工工資保證金繳納比例根據工程合同價款的不同有所不同，比例主要有2%、3%、4%、5%。
農民工工資保證金交給社會保障部門。
在農民工進行工作的時候，如果沒有一定的資金保障，在這個時候權益是很有可能受到侵害的，因此就會有工資保證金，農民工工資保證金一般是由有關的單位進行繳納，在有關的單位不能支付工資的時候，這些保證金用于支付農民工的工資，因此繳納的話一般是到社會保障部門。
農民工工資保證金，是指在工程開工之前，由建設工程項目審批行政部門負責通知，并監督建設單位按照工程合同價款的3%向銀行專戶存儲的工資專項資金。保證金根據省、市、縣各級項目審批權限實行層級監管，并實行專戶存儲、專項支取，任何單位和個人不得挪用。
工程竣工驗收后，建設單位向勞動保障部門辦證大廳，提交關于退還農民工工資保障金的申請相關材料。建設單位將書面材料和相關部門出具同意退撥工資保障金的意見提交市清欠辦，建設單位憑以下材料到市財政局辦理退款手續，財政局根據以上材料，將應退付保障金連同相應的利息退入建設單位賬戶。
法律依據
《保障農民工工資支付條例》
第五條　保障農民工工資支付，應當堅持市場主體負責、政府依法監管、社會協同監督，按照源頭治理、預防為主、防治結合、標本兼治的要求，依法根治拖欠農民工工資問題。
《人力資源社會保障部、住房和城鄉建設部、交通運輸部、水利部、銀保監會、鐵路局、民航局關于印發《工程建設領域農民工工資保證金規定》的通知》
第十一條　工資保證金按工程施工合同額（或年度合同額）的一定比例存儲，原則上不低于1%，不超過3%，單個工程合同額較高的，可設定存儲上限。
施工總承包單位在同一工資保證金管理地區有多個在建工程，存儲比例可適當下浮但不得低于施工合同額（或年度合同額）的0.5%。
施工合同額低于300萬元的工程，且該工程的施工總承包單位在簽訂施工合同前一年內承建的工程未發生工資拖欠的，各地區可結合行業保障農民工工資支付實際，免除該工程存儲工資保證金。
前款規定的施工合同額可適當調整，調整范圍由省級人力資源社會保障行政部門會同行業工程建設主管部門確定，并報人力資源社會保障部、住房和城鄉建設部、交通運輸部、水利部、鐵路局、民航局備案。