其實(shí)宅基地使用權(quán)糾紛問(wèn)題，原則上屬于一般的民事糾紛，可以找以下部門依法處理：
一、村委會(huì)或鎮(zhèn)、鄉(xiāng)政府，或者縣政府土地管理部門調(diào)解處理;
二、可以找土地管理部門進(jìn)行確權(quán)申請(qǐng);
三、可以向法院提起訴訟;
四、其他部門。
下面是對(duì)不同案件的處理：
一、土地管理部門違法審批引起的宅基地糾紛案件
因土地管理部門審批宅基地，侵犯了相鄰關(guān)系人合法權(quán)益而引起的訴訟，人民法院應(yīng)以行政案件立案審理。法院主要審查土地管理部門在作出審批宅基地手續(xù)這一具體行政行為過(guò)程中，是否有超越職權(quán)、濫用職權(quán)、違反法定程序的行為。因而，土地管理部門從實(shí)體處理到審批程序各個(gè)環(huán)節(jié)中，只要有違法的情形存在，人民法院就應(yīng)撤銷宅基地使用執(zhí)照或責(zé)令土地管理部門重新作出審批。
對(duì)于土地管理部門審批的宅基地屬他人承包地、自留地，侵犯第三人土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)引起的糾紛，人民法院受案后，主要審查申請(qǐng)人是否符合《土地管理法》第六十二條規(guī)定的條件，所審批的宅基地是否在法律規(guī)定范圍內(nèi)，有無(wú)按《土地管理法》第四十四條規(guī)定辦理農(nóng)用地轉(zhuǎn)用審批手續(xù)、有無(wú)考慮土地承包權(quán)三十年不變的規(guī)定等具體情況，作出撤銷或者維持審批文件的判決。
未經(jīng)土地管理部門審批或者采取欺騙手段騙取建房手續(xù)用地建房，侵犯了集體或相鄰關(guān)系人利益引發(fā)的糾紛。
對(duì)于能夠確認(rèn)村民建房未經(jīng)審批或采取欺騙手段騙取建房手續(xù)的非法用地建房，并且侵犯了相鄰關(guān)系人合法權(quán)益，如影響鄰人房屋通風(fēng)、采光、通行等情況的，人民法院既可以作出排除妨礙、限期拆除違法建筑物的民事判決，也可以中止訴訟，建議土地管理部門作出限期拆除違法建筑物、退出土地的處罰決定。人民法院在審理非法建筑物買賣、確權(quán)等涉及宅基地使用權(quán)糾紛案件時(shí)，應(yīng)注意只能裁決建筑材料的所有權(quán)，不宜明確非法建筑物的所有權(quán)歸屬。
二、爭(zhēng)占宅基地以外的集體空閑地引發(fā)的糾紛案件
村民爭(zhēng)占除宅基地以外的集體空閑地的目的是為了多占地皮、擴(kuò)大墻院、堆放雜物等。對(duì)這類糾紛，人民法院應(yīng)當(dāng)告知到當(dāng)?shù)厝嗣裾暾?qǐng)解決，不服政府處理決定的則可向法院起訴的，法院應(yīng)以行政案件受理。土地為村集體經(jīng)濟(jì)組織所有的也可以直接向人民法院起訴，可要求占地者退出土地、排除妨礙，法院則應(yīng)以民事案件受理，對(duì)當(dāng)事人因爭(zhēng)占空閑土地引起的財(cái)產(chǎn)損害賠償案件，人民法院應(yīng)根據(jù)具體案情處理。
三、建房戶私下調(diào)換宅基地引發(fā)的糾紛案件
村民根據(jù)各自利益的需要，私下調(diào)換宅基地引發(fā)糾紛的，人民法院在審理此類案件時(shí)不僅要指出雙方行為的違法性，同時(shí)可以建議土地管理部門依法吊銷建房手續(xù)，收回宅基地。如果一方或雙方已蓋好房屋，為避免造成不必要的損失，可以在征得土地管理部門同意后，責(zé)令雙方變更宅基地登記。
四、用地建房影響相鄰關(guān)系人利益引發(fā)的糾紛案件
不適當(dāng)使用宅基地而影響相鄰關(guān)系的，如在同一規(guī)劃線上，后蓋的房屋宅基地基墊比先蓋的房屋宅基地高一些，造成雨水和生活用水向鄰人宅基地流淌，或后蓋的房屋和設(shè)施影響相鄰人房屋通風(fēng)、采光、滴水、危及他人房屋安全，或在不適當(dāng)?shù)攸c(diǎn)建造廁所影響環(huán)境衛(wèi)生、或擅自堵塞通道、截?cái)嘧匀凰鞯惹闆r引發(fā)的糾紛，人民法院應(yīng)本著依法、合理的精神妥善予以處理，確實(shí)給鄰人造成損害的，應(yīng)責(zé)令排除妨礙、消除危險(xiǎn)、恢復(fù)原狀或賠償損失。
法律依據(jù)
《土地管理法》
第十六條　下級(jí)土地利用總體規(guī)劃應(yīng)當(dāng)依據(jù)上一級(jí)土地利用總體規(guī)劃編制。
地方各級(jí)人民政府編制的土地利用總體規(guī)劃中的建設(shè)用地總量不得超過(guò)上一級(jí)土地利用總體規(guī)劃確定的控制指標(biāo)，耕地保有量不得低于上一級(jí)土地利用總體規(guī)劃確定的控制指標(biāo)。
省、自治區(qū)、直轄市人民政府編制的土地利用總體規(guī)劃，應(yīng)當(dāng)確保本行政區(qū)域內(nèi)耕地總量不減少。
第六十二條　農(nóng)村村民一戶只能擁有一處宅基地，其宅基地的面積不得超過(guò)省、自治區(qū)、直轄市規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)。
人均土地少、不能保障一戶擁有一處宅基地的地區(qū)，縣級(jí)人民政府在充分尊重農(nóng)村村民意愿的基礎(chǔ)上，可以采取措施，按照省、自治區(qū)、直轄市規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)保障農(nóng)村村民實(shí)現(xiàn)戶有所居。
農(nóng)村村民建住宅，應(yīng)當(dāng)符合鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）土地利用總體規(guī)劃、村莊規(guī)劃，不得占用永久基本農(nóng)田，并盡量使用原有的宅基地和村內(nèi)空閑地。編制鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）土地利用總體規(guī)劃、村莊規(guī)劃應(yīng)當(dāng)統(tǒng)籌并合理安排宅基地用地，改善農(nóng)村村民居住環(huán)境和條件。
農(nóng)村村民住宅用地，由鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府審核批準(zhǔn)；其中，涉及占用農(nóng)用地的，依照本法第四十四條的規(guī)定辦理審批手續(xù)。
農(nóng)村村民出賣、出租、贈(zèng)與住宅后，再申請(qǐng)宅基地的，不予批準(zhǔn)。
國(guó)家允許進(jìn)城落戶的農(nóng)村村民依法自愿有償退出宅基地，鼓勵(lì)農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織及其成員盤活利用閑置宅基地和閑置住宅。
國(guó)務(wù)院農(nóng)業(yè)農(nóng)村主管部門負(fù)責(zé)全國(guó)農(nóng)村宅基地改革和管理有關(guān)工作。

法律主觀：

農(nóng)村宅基地糾紛有協(xié)商、調(diào)解、仲裁、訴訟四種解決方式。因農(nóng)村宅基地發(fā)生糾紛的雙方當(dāng)事人可以通過(guò)協(xié)商解決，當(dāng)事人不愿協(xié)商、調(diào)解或者協(xié)商、調(diào)解不成的可以向仲裁機(jī)構(gòu)申請(qǐng)仲裁；當(dāng)事人對(duì)處理決定不服的可以在接到處理決定后30日內(nèi)，直接向人民法院起訴。

法律客觀：

《中華人民共和國(guó)土地管理法》
第六十二條
農(nóng)村村民一戶只能擁有一處宅基地，其宅基地的面積不得超過(guò)省、自治區(qū)、直轄市規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)。人均土地少、不能保障一戶擁有一處宅基地的地區(qū)，縣級(jí)人民政府在充分尊重農(nóng)村村民意愿的基礎(chǔ)上，可以采取措施，按照省、自治區(qū)、直轄市規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)保障農(nóng)村村民實(shí)現(xiàn)戶有所居。農(nóng)村村民出賣、出租、贈(zèng)與住宅后，再申請(qǐng)宅基地的，不予批準(zhǔn)。國(guó)家允許進(jìn)城落戶的農(nóng)村村民依法自愿有償退出宅基地，鼓勵(lì)農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織及其成員盤活利用閑置宅基地和閑置住宅。

法律主觀：

因宅基地發(fā)生糾紛，如果是村民之間的糾紛，屬于民事糾紛，可以先進(jìn)行調(diào)解，縣級(jí)以上人民政府土地管理部門或者鄉(xiāng)級(jí)人民政府提出書面申請(qǐng)，調(diào)解不成，可以到當(dāng)?shù)胤ㄔ浩鹪V；如果行政糾紛，可以直接提起行政訴訟，起訴相關(guān)的行政部門。 提起訴訟的流程如下： 1、當(dāng)事人起訴，首先應(yīng)提交起訴書，并按對(duì)方當(dāng)事人人數(shù)提交相應(yīng)份數(shù)的副本。 2、根據(jù)“誰(shuí)主張誰(shuí)舉證”原則，原告向法院起訴應(yīng)提交相關(guān)證據(jù)材料。 3、立案庭在當(dāng)事人履行必須的手續(xù)和交齊有關(guān)證據(jù)材料之后，在七天內(nèi)，對(duì)符合立案條件的，辦理立案手續(xù)；對(duì)不符合立案條件的，依法裁定不予受理。 4、當(dāng)事人應(yīng)在收到受理通知書之日起七天內(nèi)預(yù)交案件受理費(fèi)和其他訴訟費(fèi)用，如確有困難，可在預(yù)交期內(nèi)向本院提出減、緩、免交的書面申請(qǐng)，逾期不交或者書面申請(qǐng)緩、減、免交未獲批準(zhǔn)而仍不預(yù)交的，本院將裁定按自動(dòng)撤訴處理。 5、立案手續(xù)后，案件由法院排期開(kāi)庭。 《土地管理法》第十六條 土地所有權(quán)和使用權(quán)爭(zhēng)議，由當(dāng)事人協(xié)商解決；協(xié)商不成的，由人民政府處理。單位之間的爭(zhēng)議，由縣級(jí)以上人民政府處理；個(gè)人之間、個(gè)人與單位之間的爭(zhēng)議，由鄉(xiāng)級(jí)人民政府或者縣級(jí)以上人民政府處理。當(dāng)事人對(duì)有關(guān)人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內(nèi)，向人民法院起訴。在土地所有權(quán)和使用權(quán)爭(zhēng)議解決前，任何一方不得改變土地利用現(xiàn)狀。

法律客觀：

《農(nóng)村宅基地管理辦法》
第十七條
農(nóng)村村民申請(qǐng)宅基地，應(yīng)當(dāng)向常住戶口所在地的村民委員會(huì)或村集體經(jīng)濟(jì)組織提出書面申請(qǐng)，經(jīng)村民委員會(huì)或村集體經(jīng)濟(jì)組織討論同意，并將申請(qǐng)宅基地戶主名單、家庭人口、原有房屋間數(shù)面積、申請(qǐng)建房占地面積、位置等張榜公布后無(wú)異議的，取得鄉(xiāng)村建設(shè)規(guī)劃許可證或建設(shè)用地規(guī)劃許可證后，報(bào)鄉(xiāng)鎮(zhèn)人民政府審查，縣土地行政主管部門審核，由縣人民政府批準(zhǔn)，其批準(zhǔn)結(jié)果由村民委員會(huì)予以公布。