商標侵權損害賠償的標準主要依據權利人因被侵權所受到的實際損失、侵權人因侵權所獲得的利益，以及該商標許可使用費的倍數來確定。若實際損失或侵權獲利難以確定，則由人民法院根據侵權行為的情節判決給予三百萬元以下的賠償。其中，侵權獲利的計算方法依據《最高人民法院關于審理商標民事糾紛案件適用法律若干問題的解釋》第十四條規定，侵權所獲得的利益可以根據侵權商品的銷售量與該商品單位利潤計算，或按照注冊商標商品的單位利潤計算。國家工商行政管理局在1999年也規定，侵權人因侵權所獲得的利潤一般是指銷售收入減去成本及應繳納的稅金。
在商業運行中，企業獲得的利潤通常分為主營業務利潤、利潤總額和凈利潤三種。主營業利潤是指銷售獲得的所有收入，扣除成本后的部分；利潤總額是指稅前收入，所得稅應當退庫作為銷售賠償額的一部分，其他支出應予扣除，產品銷售稅則不退稅；凈利潤是指利潤不僅應當扣除成本，還應當扣除其他支出，以侵權人在侵權期間獲得的純利潤作為賠償額。在侵權獲得利潤的賠償問題上，選擇主營業利潤作為侵權賠償的金額是較為合理的，既無需交納非因自己經營產生的所得稅以保護被侵權人的利益，還有利于阻嚇侵權行為。
然而，在商標侵權中，如果侵權的對象只是商標權人產品中的一項或幾項產品，而非所有產品，則應當采取不同的計算方法。實踐中比較實用的計算公式為：侵權獲利=侵權期間總銷售額×侵權商品配比率×利潤率。其中，侵權商品配比率是指侵權商品在所有商品中所占的比例，而侵權期間總銷售額與侵權商品配比率的積就是上文中的主營業利潤。

針對商標侵權案件，賠償方式主要包括以下幾種：
1. 以被侵權方所受損失作為判賠依據；
2. 以侵權方因侵權所得收益為參考；
3. 參照商標許可使用費的倍數進行合理判定；
4. 由法院根據侵權行為的具體情況作出法定賠償決定。
在確定賠償金額時，法院會全面考量多個因素，如商標知名度、侵權方主觀過錯、侵權行為性質及情節、侵權行為持續時間等。
此外，被侵權方可要求侵權方承擔停止侵害、消除不良影響等民事責任。
若情節嚴重者，將構成犯罪，需承擔相應刑事責任。

商標侵權損害賠償主要依據權利人的實際損失，侵權人的獲利，許可使用費的合理倍數以及法定賠償四種方式進行計算。
以權利人的實際損失確定賠償額時，法院通常依據權利人因侵權所造成商品銷售減少量或者侵權商品銷售量與該注冊商標商品的單位利潤乘積計算。但商譽損失難以計算，且銷量減少往往有多重因素共同導致，難以區分，故實際操作難度較大。
以侵權人所獲得的利益確定損害賠償額時，關鍵在于獲取侵權人的侵權產品銷售量。但此類證據往往缺乏真實性或關聯性，且權利人難以掌握侵權人的財務賬簿，增加實際操作難度。
以商標許可使用費的合理倍數確定賠償額，前提是存在可參照的許可使用費。但在商標侵權行為中，使用與許可合同中的使用存在差異，該許可使用費是否適用存在不確定性。
法定賠償則在前三種方式無法確定損害賠償額時適用，法院會綜合考慮侵權行為的性質、期間、后果，商標的聲譽，許可費數額等因素來確定賠償額。然而，由于缺乏可視化的衡量標準，實踐中往往導致賠償額差距較大，需進一步完善。