指定管轄，是指上級(jí)人民法院以裁定方式，指定下級(jí)人民法院對(duì)某一案件行使管轄權(quán)。由于刑事訴訟法及相關(guān)的司法解釋只規(guī)定了立案管轄和審判管轄，實(shí)踐中對(duì)于管轄有異議后指定管轄的案件，一般有兩種處理方法：
　　一是在對(duì)該案件偵查終結(jié)后，將案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安機(jī)關(guān)，由該公安機(jī)關(guān)移送相應(yīng)的檢察機(jī)關(guān)提起公訴；
　　二是被指定立案?jìng)刹榈墓矙C(jī)關(guān)報(bào)請(qǐng)其上一級(jí)公安機(jī)關(guān)與該市中級(jí)法院協(xié)商后，中級(jí)法院指定該市某基層法院管轄，并通知與中級(jí)法院對(duì)應(yīng)的市檢察院，市檢察院再通知相應(yīng)的基層檢察院。
　　【法律依據(jù)】
　　《刑事訴訟法》第二十七條規(guī)定，上級(jí)人民法院可以指定下級(jí)人民法院審判管轄不明的案件，也可以指定下級(jí)人民法院將案件移送其他人民法院審判。

法律分析：
依據(jù)我國(guó)現(xiàn)行刑事訴訟法和訴訟理論，一般將管轄劃分為立案管轄和審判管轄。
立案管轄，又稱職能管轄或部門管轄，是指人民法院、人民檢察院和公安機(jī)關(guān)各自直接受理刑事案件的職權(quán)范圍，也就是人民法院、人民檢察院和公安機(jī)關(guān)之間，在直接受理刑事案件范圍上的權(quán)限劃分。
審判管轄，是指人民法院審判第一審刑事案件的職權(quán)范圍，包括各級(jí)人民法院之間、普通人民法院與專門人民法院之間，以及同級(jí)人民法院之間，在審判第一審刑事案件上的權(quán)限劃分。
級(jí)別管轄，是指各級(jí)人民法院之間在審判第一審刑事案件上的權(quán)限分工。

【法律依據(jù)】：
《中華人民共和國(guó)刑事訴訟法》
第十九條 刑事案件的偵查由公安機(jī)關(guān)進(jìn)行，法律另有規(guī)定的除外。 人民檢察院在對(duì)訴訟活動(dòng)實(shí)行法律監(jiān)督中發(fā)現(xiàn)的司法工作人員利用職權(quán)實(shí)施的非法拘禁、刑訊逼供、非法搜查等侵犯公民權(quán)利、損害司法公正的犯罪，可以由人民檢察院立案?jìng)刹椤?duì)于公安機(jī)關(guān)管轄的國(guó)家機(jī)關(guān)工作人員利用職權(quán)實(shí)施的重大犯罪案件，需要由人民檢察院直接受理的時(shí)候，經(jīng)省級(jí)以上人民檢察院決定，可以由人民檢察院立案?jìng)刹椤?自訴案件，由人民法院直接受理。
第二十條 基層人民法院管轄第一審普通刑事案件，但是依照本法由上級(jí)人民法院管轄的除外。
第二十一條 中級(jí)人民法院管轄下列第一審刑事案件： （一）危害國(guó)家安全、恐怖活動(dòng)案件； （二）可能判處無(wú)期徒刑、死刑的案件。
第二十二條 高級(jí)人民法院管轄的第一審刑事案件，是全省（自治區(qū)、直轄市）性的重大刑事案件。
第二十三條 最高人民法院管轄的第一審刑事案件，是全國(guó)性的重大刑事案件。

法律主觀：

刑事訴訟中的管轄，是指公安機(jī)關(guān)、人民檢察院和人民法院之間立案受理刑事案件的權(quán)限劃分。公安機(jī)關(guān)負(fù)責(zé)偵查、檢察院負(fù)責(zé)審查起訴、法院負(fù)責(zé)審理。審判管轄是指法院之間審判案件的權(quán)限劃分，分為地域管轄、級(jí)別管轄和專屬管轄。

法律客觀：

《刑事訴訟法》第一百零九條 公安機(jī)關(guān)或者人民檢察院發(fā)現(xiàn)犯罪事實(shí)或者犯罪嫌疑人，應(yīng)當(dāng)按照管轄范圍，立案?jìng)刹椤? 第一百一十條 任何單位和個(gè)人發(fā)現(xiàn)有犯罪事實(shí)或者犯罪嫌疑人，有權(quán)利也有義務(wù)向公安機(jī)關(guān)、人民檢察院或者人民法院報(bào)案或者舉報(bào)。 被害人對(duì)侵犯其人身、財(cái)產(chǎn)權(quán)利的犯罪事實(shí)或者犯罪嫌疑人，有權(quán)向公安機(jī)關(guān)、人民檢察院或者人民法院報(bào)案或者控告。 公安機(jī)關(guān)、人民檢察院或者人民法院對(duì)于報(bào)案、控告、舉報(bào)，都應(yīng)當(dāng)接受。對(duì)于不屬于自己管轄的，應(yīng)當(dāng)移送主管機(jī)關(guān)處理，并且通知報(bào)案人、控告人、舉報(bào)人；對(duì)于不屬于自己管轄而又必須采取緊急措施的，應(yīng)當(dāng)先采取緊急措施，然后移送主管機(jī)關(guān)。