如果事實不清，證據不足，不能認定被告人有罪的，應當作出證據不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決。
刑事案件中，秉承“疑罪從無”原則，即檢方證據不足的，法院會依據刑法及刑訴要求，判決因證據不足，被告罪名不成立，當庭釋放。民事案件或行政訴訟案件中，是由雙方遞交證據的，法院根據證據進行裁判，據不足的一方，必然要承擔敗訴的風險。
當事人對自己提出的訴訟請求所依據的事實或者反駁對方訴訟請求所依據的事實有責任提供證據加以證明。沒有證據或者證據不足以證明當事人的事實主張的，由負有舉證責任的當事人承擔不利后果。證據不足的案件中犯罪嫌疑人是可以請律師來幫助自己辯護，讓律師來給自己爭取無罪辯護或是其他的權益等。
【法律依據】：
《中華人民共和國刑事訴訟法》
第二百條　在被告人最后陳述后，審判長宣布休庭，合議庭進行評議，根據已經查明的事實、證據和有關的法律規定，分別作出以下判決：
（一）案件事實清楚，證據確實、充分，依據法律認定被告人有罪的，應當作出有罪判決；
（二）依據法律認定被告人無罪的，應當作出無罪判決；
（三）證據不足，不能認定被告人有罪的，應當作出證據不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決。

　　根據法律規定，在刑事訴訟中，公安機關偵查終結的案件，一律由人民檢察院審查決定是否起訴。人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。補充偵查以二次為限。對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。如果被不起訴人在押，應當立即釋放。
　　【法律依據】
　　《刑事訴訟法》第一百六十二條，公安機關偵查終結的案件，應當做到犯罪事實清楚，證據確實、充分，并且寫出起訴意見書，連同案卷材料、證據一并移送同級人民檢察院審查決定;同時將案件移送情況告知犯罪嫌疑人及其辯護律師。
　　對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。
　　《刑事訴訟法》第一百七十八條，不起訴的決定，應當公開宣布，并且將不起訴決定書送達被不起訴人和他的所在單位。如果被不起訴人在押，應當立即釋放。