依據(jù)相關(guān)法律階段的差異，對于證據(jù)不足的刑事案件，可采取三種處理方式與程序：
首先，如經(jīng)公安機(jī)關(guān)初次調(diào)查取證，發(fā)現(xiàn)無充分證據(jù)證實嫌疑人存在犯罪行為，則公安機(jī)關(guān)有權(quán)不予立案或撤回立案申請，釋放被拘留人員，終結(jié)法律程序；
其次，在證據(jù)匱乏、嫌疑人被強(qiáng)行羈押的情況下，檢察院將不批捕，嫌疑人亦無需移交檢察院審查起訴，一年后，待取保候?qū)徠谙藿Y(jié)束，解除對嫌疑人的強(qiáng)制措施，嫌疑人將不再面臨審判及判刑；
最后，若已向法院提起訴訟且證據(jù)不足，法院將依法做出無罪裁決。
【法律依據(jù)】
《刑事訴訟法》第一百七十五條，人民檢察院審查案件，可以要求公安機(jī)關(guān)提供法庭審判所必需的證據(jù)材料；認(rèn)為可能存在本法第五十六條規(guī)定的以非法方法收集證據(jù)情形的，可以要求其對證據(jù)收集的合法性作出說明。 
 人民檢察院審查案件，對于需要補(bǔ)充偵查的，可以退回公安機(jī)關(guān)補(bǔ)充偵查，也可以自行偵查。
對于補(bǔ)充偵查的案件，應(yīng)當(dāng)在一個月以內(nèi)補(bǔ)充偵查完畢。
補(bǔ)充偵查以二次為限。補(bǔ)充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院重新計算審查起訴期限。
對于二次補(bǔ)充偵查的案件，人民檢察院仍然認(rèn)為證據(jù)不足，不符合起訴條件的，應(yīng)當(dāng)作出不起訴的決定。

到法院窗口遞交退費(fèi)申請材料。退費(fèi)流程如下：
1. 勝訴的原告到法院窗口遞交退費(fèi)申請材料。所需材料包括：
- 《訴訟費(fèi)用退還申請表》
- 裁判文書復(fù)印件兩份（核對原件）
- 原繳費(fèi)憑據(jù)復(fù)印件或非稅系統(tǒng)繳費(fèi)記錄
- 當(dāng)事人是個人，需提交身份證、收款銀行卡復(fù)印件
- 當(dāng)事人是單位，需提交單位營業(yè)執(zhí)照復(fù)印件、法定代表人身份證明書原件、法定代表人身份證復(fù)印件，以及加蓋單位財務(wù)章的一式多聯(lián)款正式收據(jù)
- 如委托代理人辦理訴訟費(fèi)用退還的，應(yīng)提交授權(quán)委托書原件、代理人身份證明復(fù)印件
- 單位委托的，還應(yīng)提交單位營業(yè)執(zhí)照復(fù)印件、法定代表人身份證明書原件及法定代表人身份證復(fù)印件
以下情況，還需要收款人的書面指定：
1. 申請退費(fèi)一方有多個當(dāng)事人，且裁判文書中未明確其中各當(dāng)事人承擔(dān)訴訟費(fèi)用數(shù)額。應(yīng)由全部當(dāng)事人共同書面指定其中一位當(dāng)事人作為收款人，同時提交全部當(dāng)事人的身份證復(fù)印件。
2. 若需指定裁判文書中未涉案的當(dāng)事人收款的，需出具公證處認(rèn)證的授權(quán)代為收款的文書。
2. 法院工作人員進(jìn)行材料審查并根據(jù)以下情況進(jìn)行處理：
- 材料有誤，一次性告知修正、補(bǔ)齊
- 材料無誤，領(lǐng)取申請辦理退費(fèi)的憑證
3. 退費(fèi)方式確認(rèn)與處置：
- 自愿承擔(dān)預(yù)交訴訟費(fèi)的，法院不退還，不得列入案件強(qiáng)制執(zhí)行標(biāo)的
- 已預(yù)交，同意由敗訴方向其直接支付訴訟費(fèi)用的，法院不退還，列入案件強(qiáng)制執(zhí)行的標(biāo)的
- 已預(yù)交，不同意自愿承擔(dān)且不同意敗訴方直接向其支付訴訟費(fèi)用的，法院根據(jù)不同情形在10個工作日內(nèi)，為當(dāng)事人辦理退費(fèi)。
4. 完成退費(fèi)：
10個工作日內(nèi)，法院為當(dāng)事人辦理退費(fèi)。同時，注意以下當(dāng)事人退費(fèi)的不同情形：
- 法院在省院系統(tǒng)核實敗訴方是否已按要求交納訴訟費(fèi)（已經(jīng)交納的，由法院打印保留非稅票據(jù)；未交納的，轉(zhuǎn)入訴訟費(fèi)強(qiáng)制執(zhí)行程序）
- 訴訟費(fèi)是否已被納入強(qiáng)制執(zhí)行主債權(quán)案件的標(biāo)的（已納入的，經(jīng)在執(zhí)行案件管理系統(tǒng)核實，法院不再辦理退費(fèi)）同意在申請強(qiáng)制執(zhí)行債權(quán)后再辦理退費(fèi)事宜的，完成強(qiáng)制執(zhí)行立案后，辦理退費(fèi)
- 敗訴方已經(jīng)履行完畢判決書的內(nèi)容不需申請強(qiáng)制執(zhí)行主債權(quán)的，由勝訴方書面告知，直接辦理退費(fèi)。
法律依據(jù)：《訴訟費(fèi)用交納辦法》第五十二條訴訟費(fèi)用的交納和收取制度應(yīng)當(dāng)公示。人民法院收取訴訟費(fèi)用按照其財務(wù)隸屬關(guān)系使用國務(wù)院財政部門或者省級人民政府財政部門印制的財政票據(jù)。案件受理費(fèi)、申請費(fèi)全額上繳財政，納入預(yù)算，實行收支兩條線管理。人民法院收取訴訟費(fèi)用應(yīng)當(dāng)向當(dāng)事人開具繳費(fèi)憑證，當(dāng)事人持繳費(fèi)憑證到指定代理銀行交費(fèi)。依法應(yīng)當(dāng)向當(dāng)事人退費(fèi)的，人民法院應(yīng)當(dāng)按照國家有關(guān)規(guī)定辦理。訴訟費(fèi)用繳庫和退費(fèi)的具體辦法由國務(wù)院財政部門商最高人民法院另行制定。在邊遠(yuǎn)、水上、交通不便地區(qū)，基層巡回法庭當(dāng)場審理案件，當(dāng)事人提出向指定代理銀行交納訴訟費(fèi)用確有困難的，基層巡回法庭可以當(dāng)場收取訴訟費(fèi)用，并向當(dāng)事人出具省級人民政府財政部門印制的財政票據(jù)；不出具省級人民政府財政部門印制的財政票據(jù)的，當(dāng)事人有權(quán)拒絕交納。