舟山市中級人民法院機構設置包含多個部門，各司其職，確保法院工作的高效運行。首先，辦公室主要負責協助院領導組織協調工作，組織各類會議，聯絡人大代表和政協委員，起草文件，以及負責宣傳報道、文秘、保密等工作。

干部人事處則負責基層法院領導班子和干部的考察管理，人員錄用和調配審核，法官等級評定，人事統計檔案管理，以及法官的考核管理工作。

宣傳教育處負責法院隊伍的思想政治教育，制定年度宣傳教育計劃，評定表彰先進典型，組織教育培訓，以及相關培訓任務的辦理。

在案件處理方面，立案庭負責案件登記立案，處理管轄爭議，審查申訴和再審申請，同時負責司法救助和案件流程管理，提出司法建議，指導全市立案工作。

刑事審判庭審理涉及國家安全、公共安全等各類刑事案件，包括未成年人案件，監督指導基層法院工作，并提出司法建議。

民事審判第一庭處理婚姻家庭、合同糾紛等民事案件，監督基層工作，提出司法建議。

民事審判第二庭負責合同、知識產權等商事糾紛案件，企業破產案件，以及相關司法建議的提出。

行政審判庭負責行政案件的審理，指導基層行政審判，并提出司法建議。

此外，還有審判監督庭負責再審案件的審查，案件質量監督，指導基層審判工作，以及國家賠償和執行工作。

執行局（執行庭）執行生效判決和財產決定，協調跨市執行爭議，提出司法建議。

司法警察支隊負責司法警察的警務工作，包括警衛、值庭、押送、武器管理，執行死刑刑場管理，以及配合執行庭工作。

在行政管理方面，司法行政裝備管理處負責經費和資產管理，物資裝備管理，訴訟費管理，以及人民法庭和審判庭建設工作。

監察室主要負責黨風廉政建設檢查，案件監督查處，來信來訪處理，案件督查，以及執紀執法監督員聯系等工作。

研究室承擔研究審判經驗，提供法律意見，組織審判委員會會務，以及社會治安綜合治理的聯絡協調。

最后，司法鑒定處專門從事司法鑒定工作。

主任法醫師，法醫專業職稱之巔，等同臨床醫學的主任醫師。設立此職稱，旨在認可法醫學領域內的卓越專家。主任法醫師需多年法醫經驗，通過嚴格考核與評審獲得。他們理論深厚、實踐出眾、專業素養高，為刑事案件提供科學準確的法醫鑒定，為司法公正與社會安全貢獻力量。

主任法醫師是法醫界的頂尖人物，其職稱與臨床醫學的主任醫師相等。為了表彰在法醫學領域中表現出的杰出才能與深厚知識，設立此職稱。要求主任法醫師擁有豐富的實踐經驗，通過嚴格的考核與評審方能獲得此榮譽。他們不僅在理論層面造詣深厚，而且實踐能力與專業素養也達到頂尖水平，為案件偵破與審判提供科學、精準的法醫意見，對維護司法公正與社會安全具有重要意義。

主任法醫師在法醫界的地位，如同臨床醫學的主任醫師。這一職稱的設立旨在表彰在法醫學領域具有卓越成就與豐富知識的專家。成為主任法醫師，需多年工作積累與嚴格考核評審。他們不僅理論根基扎實，實踐能力與專業素養同樣卓越，為刑事案件的調查與審判提供科學、準確的法醫鑒定，對促進司法公正與社會安全發揮著關鍵作用。