1、兩者的賠償主體不同。

國家賠償的主體是國家，即國家是賠償責任的承擔者，但具體的賠償義務由法定賠償義務機關履行，民事賠償的主體是民事主體，賠償主體與賠償義務人是一致的。

2、兩種賠償發生的基礎不同。

國家賠償發生在國家權力的動作過程中，由國家侵權行為引起;而民事賠償則由發事侵權行為引起，發生在民事活動中，與公共權力的動作無關。

3、兩種賠償的歸責原則不同。

國家賠償的歸責原則主要是違法原則，我國國家賠償法規定，國家機關和國家機關工作人員違法行使職權侵犯公民、法人和其他組織的合法權益造成損害的，受害人有依照本法取得國家賠償的權利。即國家賠償以國家機關及工作人員的行為違法為前提。而民事賠償的歸責原則主要是過錯原則，即以行為人主觀上的過錯為承擔民事賠償責任的基本前提。此外，在民事賠償中還確立了無過錯原則和公平責任原則作為過錯原則的補充。

4、兩種賠償的程序不同。

國家賠償的程序較為復雜，分為行政賠償程序和刑事賠償和程序，它和民事賠償程序相比，有二點顯著區別：

首先，在提起國家賠償訴訟之前，除在行政訴訟中附帶提起賠償外，請求人應先向賠償義務機關提出賠償請求，即實行賠償義務的機關決定前置原則，不經該決定程序，法院不予受理。而民事賠償中，受害人可以直接向法院提起賠償請求，無需經過任何前置程序。

其次，證據規則不同，國家賠償一般實行“初步證明”規則，即賠償請求人首先要證明損害已經發生，并且該損害系國家機關及工作人員的違法行為所引起，繼而，證明責任轉移到被告，被告即國家機關要證明引起損害的行為合法或從未實施該行為等有得于自己的證據;而民事賠償訴訟中則實行“誰主張、誰舉證”的證據規則。

5、兩者的賠償范圍不同。

國家賠償主要限于物質損害的賠償，精神損害原則上不予賠償;對物質損害的賠償以直接損失為限，不包括間接損失。而民事賠償既包括對物損害的賠償，也包括對精神損害的賠償，對物質損害的賠償不以直接損失為限，也包括間接損失。

6、兩者的賠償方式不同。

國家賠償以支付賠償金為主要賠償方式;而民事賠償既可以采取金錢賠償方式，也可以采取恢復原狀等方式。