違法運用資金罪這樣處罰：社會保障基金管理機構、住房公積金管理機構等公眾資金管理機構，以及保險公司、保險資產管理公司、證券投資基金管理公司，違反國家規定運用資金的，對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，處三年以下有期徒刑或者拘役，并處三萬元以上三十萬元以下罰金。
【法律依據】
《刑法》第一百八十五條之一
商業銀行、證券交易所、期貨交易所、證券公司、期貨經紀公司、保險公司或者其他金融機構，違背受托義務，擅自運用客戶資金或者其他委托、信托的財產，情節嚴重的，對單位判處罰金，并對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，處三年以下有期徒刑或者拘役，并處三萬元以上三十萬元以下罰金；情節特別嚴重的，處三年以上十年以下有期徒刑，并處五萬元以上五十萬元以下罰金。
社會保障基金管理機構、住房公積金管理機構等公眾資金管理機構，以及保險公司、保險資產管理公司、證券投資基金管理公司，違反國家規定運用資金的，對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照前款的規定處罰。

刑法中違法運用資金罪以下列標準立案：
1、行為主體違反國家規定運用三十萬元以上資金的，應予立案；
2、多次實施了違反國家規定運用資金的行為，應予立案；
3、存在其他嚴重情節的，應予立案。
【法律依據】
《最高人民檢察院公安部關于公安機關管轄的刑事案件立案追訴標準的規定（二）》第四十一條
社會保障基金管理機構、住房公積金管理機構等公眾資金管理機構，以及保險公司、保險資產管理公司、證券投資基金管理公司，違反國家規定運用資金，涉嫌下列情形之一的，應予立案追訴：
（一）違反國家規定運用資金數額在三十萬元以上的；
（二）雖未達到上述數額標準，但多次違反國家規定運用資金的；
（三）其他情節嚴重的情形。