專項(xiàng)附加扣除辦理申報(bào)可以由單位辦理申報(bào)或者個(gè)人自行申報(bào)。具體來講：
（1）由單位按月發(fā)工資預(yù)扣稅款時(shí)辦理。除大病醫(yī)療以外，對(duì)其他五項(xiàng)扣除，您可以選擇在單位發(fā)放工資薪金時(shí)，按月享受專項(xiàng)附加扣除政策。
首次享受時(shí)，需要填寫《個(gè)人所得稅專項(xiàng)附加扣除信息表》并報(bào)送給任職受雇單位，單位在每個(gè)月發(fā)放工資時(shí)，像“三險(xiǎn)一金”一樣，為您辦理專項(xiàng)附加扣除。
（2）自行在年度綜合所得匯算清繳申報(bào)時(shí)辦理。一般來講，有以下情形之一的，您可以選擇在次年3月1日至6月30日內(nèi)，自行向匯繳地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理匯算清繳申報(bào)時(shí)進(jìn)行專項(xiàng)附加扣除；稅款多退少補(bǔ)；個(gè)人所得稅專項(xiàng)附加扣除信息隨納稅申報(bào)表一并報(bào)送：①不愿意通過單位辦理扣除，未將相關(guān)專項(xiàng)附加扣除信息報(bào)送給任職受雇單位的；②沒有工資、薪金所得，但有勞務(wù)報(bào)酬所得、稿酬所得、特許權(quán)使用費(fèi)所得的；③有大病醫(yī)療支出項(xiàng)目的；④納稅年度內(nèi)未享受或未足額享受專項(xiàng)附加扣除等情形。
【拓展資料】
如果同時(shí)有兩個(gè)以上發(fā)工資的單位，那么對(duì)同一個(gè)專項(xiàng)附加扣除項(xiàng)目，在一個(gè)納稅年度內(nèi)，您只能選擇從其中的一個(gè)單位辦理扣除。
法律依據(jù)：《國(guó)務(wù)院關(guān)于印發(fā)個(gè)人所得稅專項(xiàng)附加扣除暫行辦法的通知》第二十五條：納稅人首次享受專項(xiàng)附加扣除，應(yīng)當(dāng)將專項(xiàng)附加扣除相關(guān)信息提交扣繳義務(wù)人或者稅務(wù)機(jī)關(guān)；扣繳義務(wù)人應(yīng)當(dāng)及時(shí)將相關(guān)信息報(bào)送稅務(wù)機(jī)關(guān)，納稅人對(duì)所提交信息的真實(shí)性、準(zhǔn)確性、完整性負(fù)責(zé)。專項(xiàng)附加扣除信息發(fā)生變化的，納稅人應(yīng)當(dāng)及時(shí)向扣繳義務(wù)人或者稅務(wù)機(jī)關(guān)提供相關(guān)信息。
前款所稱專項(xiàng)附加扣除相關(guān)信息，包括納稅人本人、配偶、子女、被贍養(yǎng)人等個(gè)人身份信息，以及國(guó)務(wù)院稅務(wù)主管部門規(guī)定的其他與專項(xiàng)附加扣除相關(guān)的信息。本辦法規(guī)定納稅人需要留存?zhèn)洳榈南嚓P(guān)資料應(yīng)當(dāng)留存五年。

登陸個(gè)稅APP，根據(jù)要申請(qǐng)的個(gè)人所得稅專項(xiàng)附加扣除項(xiàng)目填寫申報(bào)。填報(bào)“子女教育”前，需準(zhǔn)備子女教育信息，子女、配偶身份證號(hào)碼，填寫完畢后需要設(shè)置扣除比例。
個(gè)稅專項(xiàng)附加扣除申報(bào)方式選擇如下：
1、扣繳義務(wù)人申報(bào)，扣繳義務(wù)人申報(bào)是按月來進(jìn)行個(gè)稅專項(xiàng)附加扣除的，由單位財(cái)務(wù)人員進(jìn)行操作，納稅人在取得收入的當(dāng)月就可以享受稅收優(yōu)惠，比較適合收入來源比較單一的納稅人；
2、綜合所得年度自行申報(bào)，綜合所得年度自行申報(bào)是先將個(gè)人所得稅進(jìn)行扣除，然后在來年由納稅人自行前往當(dāng)?shù)囟悇?wù)部門辦理個(gè)稅專項(xiàng)附加扣除申報(bào)，然后由稅務(wù)部門辦理退稅；
3、綜合所得年度自行申報(bào)比較適合收入來源比較廣泛的人。
個(gè)稅專項(xiàng)扣除申報(bào)流程：第一步信息提交：納稅人提交相關(guān)材料給稅務(wù)機(jī)關(guān)或者納稅人將材料提交給扣繳義務(wù)人然后報(bào)送給稅務(wù)機(jī)關(guān)。專項(xiàng)附加扣除相關(guān)信息包括：納稅人本人、配偶、未成年子女、被贍養(yǎng)老人等個(gè)人身份信息。國(guó)務(wù)院稅務(wù)主管部門規(guī)定的其他與專項(xiàng)附加扣除相關(guān)信息。專項(xiàng)附加扣除信息發(fā)生變化的，應(yīng)當(dāng)及時(shí)向扣繳義務(wù)人或者稅務(wù)機(jī)關(guān)提供相關(guān)信息。第二步信息核實(shí)：相關(guān)部門和單位應(yīng)當(dāng)向稅務(wù)部門提供或協(xié)助核實(shí)與專項(xiàng)附加扣除有關(guān)的信息。
法律依據(jù)：《國(guó)務(wù)院關(guān)于印發(fā)個(gè)人所得稅專項(xiàng)附加扣除暫行辦法的通知》
第八條納稅人在中國(guó)境內(nèi)接受學(xué)歷（學(xué)位）繼續(xù)教育的支出，在學(xué)歷（學(xué)位）教育期間按照每月400元定額扣除。同一學(xué)歷（學(xué)位）繼續(xù)教育的扣除期限不能超過48個(gè)月。納稅人接受技能人員職業(yè)資格繼續(xù)教育、專業(yè)技術(shù)人員職業(yè)資格繼續(xù)教育的支出，在取得相關(guān)證書的當(dāng)年，按照3600元定額扣除。第十四條納稅人本人或者配偶單獨(dú)或者共同使用商業(yè)銀行或者住房公積金個(gè)人住房貸款為本人或者其配偶購(gòu)買中國(guó)境內(nèi)住房，發(fā)生的首套住房貸款利息支出，在實(shí)際發(fā)生貸款利息的年度，按照每月1000元的標(biāo)準(zhǔn)定額扣除，扣除期限最長(zhǎng)不超過240個(gè)月。納稅人只能享受一次首套住房貸款的利息扣除。
本辦法所稱首套住房貸款是指購(gòu)買住房享受首套住房貸款利率的住房貸款。第十七條納稅人在主要工作城市沒有自有住房而發(fā)生的住房租金支出，可以按照以下標(biāo)準(zhǔn)定額扣除：
（一）直轄市、省會(huì)（首府）城市、計(jì)劃單列市以及國(guó)務(wù)院確定的其他城市，扣除標(biāo)準(zhǔn)為每月1500元；
（二）除第一項(xiàng)所列城市以外，市轄區(qū)戶籍人口超過100萬(wàn)的城市，扣除標(biāo)準(zhǔn)為每月1100元；市轄區(qū)戶籍人口不超過100萬(wàn)的城市，扣除標(biāo)準(zhǔn)為每月800元。
納稅人的配偶在納稅人的主要工作城市有自有住房的，視同納稅人在主要工作城市有自有住房。
市轄區(qū)戶籍人口，以國(guó)家統(tǒng)計(jì)局公布的數(shù)據(jù)為準(zhǔn)。

專項(xiàng)附加稅扣除申報(bào)方式選通過扣繳義務(wù)人申報(bào)，或者“綜合所得年度自行申報(bào)都可以。在個(gè)人所得稅app上填寫好專項(xiàng)扣除信息后，會(huì)讓在“通過扣繳義務(wù)人申報(bào)”和“綜合所得年度自行申報(bào)”兩種方式中任選一種，如果是單位職工的話建議選擇“通過扣繳義務(wù)人申報(bào)”，這樣就不用花自己時(shí)間去稅務(wù)部門辦理退稅了。如果是自由職業(yè)或者個(gè)體戶，可以選擇“綜合所得年度自行申報(bào)”。“通過扣繳義務(wù)人申報(bào)”指的是向單位申報(bào)個(gè)人信息，最后由單位向稅務(wù)機(jī)關(guān)繳納員工應(yīng)繳的稅款，在選擇個(gè)人所得稅申報(bào)方式時(shí)，可以根據(jù)自身的條件及意愿靈活選擇。
《中華人民共和國(guó)個(gè)人所得稅法》
第二條
下列各項(xiàng)個(gè)人所得，應(yīng)當(dāng)繳納個(gè)人所得稅：
（一）工資、薪金所得；
（二）勞務(wù)報(bào)酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特許權(quán)使用費(fèi)所得；
（五）經(jīng)營(yíng)所得；
（六）利息、股息、紅利所得；
（七）財(cái)產(chǎn)租賃所得；
（八）財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得；
（九）偶然所得。
居民個(gè)人取得前款第一項(xiàng)至第四項(xiàng)所得（以下稱綜合所得），按納稅年度合并計(jì)算個(gè)人所得稅；非居民個(gè)人取得前款第一項(xiàng)至第四項(xiàng)所得，按月或者按次分項(xiàng)計(jì)算個(gè)人所得稅。納稅人取得前款第五項(xiàng)至第九項(xiàng)所得，依照本法規(guī)定分別計(jì)算個(gè)人所得稅。

專項(xiàng)附加扣除申報(bào)的方式主要有以下兩種：1、通過扣繳義務(wù)人申報(bào)，就是指職工向擔(dān)保提交個(gè)人的申報(bào)信息，單位可以直接從代扣繳軟件獲得員工報(bào)送的專項(xiàng)附加扣除信息，并從中計(jì)算出應(yīng)預(yù)扣預(yù)繳的稅款，最后向稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理全員全額納稅申報(bào)；2、綜合所得年度自行申報(bào)，是用戶直接通過個(gè)人所得稅APP進(jìn)行申報(bào)，直接在次年辦理匯算清繳。
《個(gè)人所得稅專項(xiàng)附加扣除操作辦法（試行）》
第四條
享受子女教育、繼續(xù)教育、住房貸款利息或者住房租金、贍養(yǎng)老人專項(xiàng)附加扣除的納稅人，自符合條件開始，可以向支付工資、薪金所得的扣繳義務(wù)人提供上述專項(xiàng)附加扣除有關(guān)信息，由扣繳義務(wù)人在預(yù)扣預(yù)繳稅款時(shí)，按其在本單位本年可享受的累計(jì)扣除額辦理扣除；也可以在次年3月1日至6月30日內(nèi)，向匯繳地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理匯算清繳申報(bào)時(shí)扣除。
納稅人同時(shí)從兩處以上取得工資、薪金所得，并由扣繳義務(wù)人辦理上述專項(xiàng)附加扣除的，對(duì)同一專項(xiàng)附加扣除項(xiàng)目，一個(gè)納稅年度內(nèi)，納稅人只能選擇從其中一處扣除。
享受大病醫(yī)療專項(xiàng)附加扣除的納稅人，由其在次年3月1日至6月30日內(nèi)，自行向匯繳地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理匯算清繳申報(bào)時(shí)扣除。