個人所得稅專項附加扣除申報方式有兩種：一種由扣繳單位按月申報、另一種須等到年終匯算清繳時自行申報。如果您選擇申報方式為“通過扣繳義務人申報”，單位可以使用扣繳端軟件，獲取您填寫的專項附加扣除信息，按月計算應預扣預繳稅款后，向稅務機關辦理全員全額納稅申報。在這種方式下，您可以在預扣預繳期間享受扣除。如果您未能及時報送，也可在以后月份補報，由單位在當年剩余月份發放工資時補扣，不影響享受專項附加扣除。
《中華人民共和國個人所得稅法》第二條下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：（一）工資、薪金所得；（二）勞務報酬所得；（三）稿酬所得；（四）特許權使用費所得；（五）經營所得；（六）利息、股息、紅利所得；（七）財產租賃所得；（八）財產轉讓所得；（九）偶然所得。居民個人取得前款第一項至第四項所得（以下稱綜合所得），按納稅年度合并計算個人所得稅；非居民個人取得前款第一項至第四項所得，按月或者按次分項計算個人所得稅。納稅人取得前款第五項至第九項所得，依照本法規定分別計算個人所得稅。

個稅專項扣除申報方式有兩種選擇：
1、通過扣繳義務人申報，由單位按月進行專項附加扣除申報，可以按月享受專項附加扣除優惠政策；
2、綜合所得年度自行申報，不由單位申報專項附加扣除，次年3-6月綜合所得年度匯算時自行辦理，延遲享受專項附加扣除優惠。
如果換新單位，單位會采集并報送你的個人信息，員工在個人所得稅APP修改扣繳義務人后提交即可。
《國務院關于印發個人所得稅專項附加扣除暫行辦法的通知》
第十七條
納稅人在主要工作城市沒有自有住房而發生的住房租金支出，可以按照以下標準定額扣除：
（一）直轄市、省會（首府）城市、計劃單列市以及國務院確定的其他城市，扣除標準為每月1500元；
（二）除第一項所列城市以外，市轄區戶籍人口超過100萬的城市，扣除標準為每月1100元；市轄區戶籍人口不超過100萬的城市，扣除標準為每月800元。
納稅人的配偶在納稅人的主要工作城市有自有住房的，視同納稅人在主要工作城市有自有住房。
市轄區戶籍人口，以國家統計局公布的數據為準。

專項扣除申報選擇方式如下：
1、可以在個人所得稅APP上進行選擇，在手機上打開“個人所得稅”APP。
2、打開的APP上，點擊下方的“個人中心”。
3、點擊頁面上方的注冊、登錄，沒賬號的進行注冊，有賬號的直接登錄。
4、登錄后，選擇下方的“服務”。
5、服務界面，選擇上方的“專項**信息查詢”，點擊進入。
6、選擇所申報的一條扣除信息，點擊進入。
7、點擊頁面下方“修改”。
8、最后選擇“修改申報方式”就可以對個稅的申報方式進行選擇了。
《國務院關于印發個人所得稅專項附加扣除暫行辦法的通知》
第二十五條
納稅人首次享受專項附加扣除，應當將專項附加扣除相關信息提交扣繳義務人或者稅務機關；
扣繳義務人應當及時將相關信息報送稅務機關，納稅人對所提交信息的真實性、準確性、完整性負責。專項附加扣除信息發生變化的，納稅人應當及時向扣繳義務人或者稅務機關提供相關信息。 ?
前款所稱專項附加扣除相關信息，包括納稅人本人、配偶、子女、被贍養人等個人身份信息，以及國務院稅務主管部門規定的其他與專項附加扣除相關的信息。 ?
本辦法規定納稅人需要留存備查的相關資料應當留存五年。