股東退股后的清算程序是:依法成立清算組、清算組接管公司、清理公司資產、核定公司債務、通知或公告債權人申報債權、進行債權登記、處理與清算與公司未了結的業務，收取公司債權、參與公司的訴訟活動、處理公司財產、清償債務、編制資產負債表和資產清單、制定清算方案、確認并實施清算方案、提交清算報告、辦理注銷登記。
公司股東退股清算有以下流程：
1.協商價格是退出股東和其他股東談判的結果，如果雙方達成一致意見，則公司可以按照協商的價格收購股份。
2.在章程中事先約定好計算方法，這是比較靈活的做法，例如可以約定由專門機構進行評估。
3.司法評估價格，當提出退股的股東與公司或者其他股東達不成一致意見時，訴訟就會成為最后的選擇。
4.在訴訟過程中股東可以向人民法院提出司法評估的申請，由法院委托專業的評估機構進行評估。
股東退股的原因有哪些
1.公司經營風險過大，超出股東投資的預期。股東投資于公司，通常對公司的商業計劃都有自己可以承受的預期，當商業計劃的風險大大超過其預期時，股東就會產生退股的念頭，從公司退出以便降低其投資風險。
2.股東死亡。股東投資公司后，股東依法享有股權。股權是一種重要的財產權利，當股東死亡時，其股權應當列入遺產，由繼承人進行繼承。根據我國的繼承法規定，第一順序繼承人為配偶、父母和子女。當這些繼承人不愿或者不適宜成為公司股東時，將死亡股東的投資從公司中分離出來就成為繼承人的渴望。
3.股東離異。當股東婚變，夫妻雙方離異時，有關股東權益的分割問題就會被提出來。由于夫妻雙方已經反目，作為非股東的一方配偶絕不可能參加對人合性要求比較高的有限公司。這時，將股東權益的一半從公司中抽取出來，變現交割給非股東的配偶，就成為非股東的配偶的強烈要求。
4.小股東遭遇控股股東壓榨。資本多數決是有限公司股東會表決的一項基本原則，資本多數決雖然確立了資本民主主義，有利于鼓勵投資。但是資本多數決也往往被控股股東濫用，導致控股股東壓榨小股東，攫取不當利益。當小股東奮起反抗而沒有效果時或者小股東不愿浪費太多的經濟和時間時，逃離公司就成為其理性的選擇。
5.公司陷入僵局。不可否認的是，有限公司成立伊始，各股東之間多數能團結和睦，公司表現出良好的人合性。但是隨后發展變化的情況往往會造成股東之間失和，當矛盾雙方股東持股比例相等或者各自控制的董事人數對等時，公司就會陷入僵持狀態中。僵持不是結果，最終會有一方股東選擇離開。
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【法律依據】:《企業破產法》第一百二十四條規定，破產人的保證人和其他連帶債務人，在破產程序終結后，對債權人依照破產清算程序未受清償的債權，依法繼續承擔清償責任。

當公司股東選擇退股時，存在兩種情況需要區別對待。
第一種情況，如果股東退股是由其他股東接收股份，那么這個過程相對簡單，無需進行清算。因為公司仍在正常運營，只需按照股份轉讓協議，由雙方進行協商即可。
然而，第二種情況更為復雜。當公司不打算繼續經營，所有股東都希望撤資時，就需要通過股東會決議，并成立清算組。接下來，清算組將負責公司的稅務結算以及資產清算工作，并辦理工商注銷手續。清算流程包括成立清算組、開始清算工作、提出清算方案、進行公司資產分配以及結束清算。在清算過程中，需要詳細統計公司未完成的業務，進行資產評估，并確定應支付的公司債務、員工工資、保險費用以及應補交的稅款等。
值得注意的是，成立清算組后，應委托專門的會計事務所進行公司債務的清算工作。會計事務所將開展清算工作，并出具資產評估報表及清算方案，告知企業。
經過清算后，會計事務所會出具清算報告。此時，需攜帶該報告前往工商局辦理公司注銷業務及營業執照注銷。如果公司不經營且未進行注銷，可能會面臨后續的麻煩事。
此外，還有一種特殊情況需要注意。如果退股的股東股份被公司其他股東接收或由其他自然人購買，那么無需進行清算工作。也就是說，只要公司仍在正常運營，無論是只有一個股東還是被其他公司收購合并，企業都無需辦理清算注銷。