工程合同糾紛的解決途徑分別有：協議優先；協商不成的可以申請基層組織進行調解；調解不成的可以向法院起訴；當事人有簽訂仲裁協議或仲裁條款的，可以申請仲裁機構進行仲裁。行為也可以不申請調解，直接選擇訴訟或仲裁。
【法律依據】：
《《中華人民共和國仲裁法》》第二條
平等主體的公民、法人和其他組織之間發生的合同糾紛和其他財產權益糾紛，可以仲裁。
《《中華人民共和國仲裁法》》第二條
平等主體的公民、法人和其他組織之間發生的合同糾紛和其他財產權益糾紛，可以仲裁。
《中華人民共和國民法典》第十條：處理民事糾紛，應當依照法律;法律沒有規定的，可以適用習慣，但是不得違背公序良俗。
《民事訴訟法》第五十三條：雙方當事人可以自行和解。
第九十六條：人民法院審理民事案件，根據當事人自愿的原則，在事實清楚的基礎上，分清是非，進行調解。
第二百七十八條：涉外經濟貿易、運輸和海事中發生的糾紛，當事人在合同中訂有仲裁條款或者事后達成書面仲裁協議，提交中華人民共和國涉外仲裁機構或者其他仲裁機構仲裁的，當事人不得向人民法院起訴。當事人在合同中沒有訂有仲裁條款或者事后沒有達成書面仲裁協議的，可以向人民法院起訴。