公安機關辦理刑事案件程序是，首先公安機關或人民檢察院對發現的犯罪事實或者犯罪嫌疑人，應當按照管轄范圍，立案偵查；然后，公安機關對立案的案件進行調查；然后，提交檢察院審查起訴；然后檢察院向法院提起公訴；最后，法院對案件進行審理判決。
【法律依據】
《中華人民共和國刑事訴訟法》第一百零九條
公安機關或者人民檢察院發現犯罪事實或者犯罪嫌疑人，應當按照管轄范圍，立案偵查。
第一百一十五條
公安機關對已經立案的刑事案件，應當進行偵查，收集、調取犯罪嫌疑人有罪或者無罪、罪輕或者罪重的證據材料。對現行犯或者重大嫌疑分子可以依法先行拘留，對符合逮捕條件的犯罪嫌疑人，應當依法逮捕。
第一百六十九條
凡需要提起公訴的案件，一律由人民檢察院審查決定。
第一百八十六條
人民法院對提起公訴的案件進行審查后，對于起訴書中有明確的指控犯罪事實的，應當決定開庭審判。