法律分析：根據破產法的規定，公司申請破產，但是沒有錢賠償員工時，員工可以向人民法院提起訴訟，但是不能申請勞動仲裁。公司進行破產清算的，應當支付勞動者一定金額的經濟補償金，具體數額按照勞動者在該單位工作的期限來計算。主張經濟補償金的勞動者可以直接向破產的管理人提出，由管理人列出清單，經過公示后就可以領取補償金。勞動者對公司發放補償金的清單存在異議的，可以要求管理人員予以更正。同時如果這時候，公司的管理人聲稱公司已經沒有錢的，勞動者應當及時向受理破產申請的人民法院提起訴訟。由于企業在進入清算程序后，不能夠再適用其他訴訟或者仲裁的程序，一切糾紛只能在受理破產的法院進行。因此，勞動者不能提起勞動爭議仲裁，只能向受理破產申請的人民法院提起訴訟。

法律依據：《中華人民共和國勞動合同法》

第四十一條 有下列情形之一，需要裁減人員二十人以上或者裁減不足二十人但占企業職工總數百分之十以上的，用人單位提前三十日向工會或者全體職工說明情況，聽取工會或者職工的意見后，裁減人員方案經向勞動行政部門報告，可以裁減人員：

（一）依照企業破產法規定進行重整的；

（二）生產經營發生嚴重困難的；

（三）企業轉產、重大技術革新或者經營方式調整，經變更勞動合同后，仍需裁減人員的；

（四）其他因勞動合同訂立時所依據的客觀經濟情況發生重大變化，致使勞動合同無法履行的。

裁減人員時，應當優先留用下列人員：

（一）與本單位訂立較長期限的固定期限勞動合同的；

（二）與本單位訂立無固定期限勞動合同的；

（三）家庭無其他就業人員，有需要扶養的老人或者未成年人的。

用人單位依照本條第一款規定裁減人員，在六個月內重新招用人員的，應當通知被裁減的人員，并在同等條件下優先招用被裁減的人員。

第四十七條 經濟補償按勞動者在本單位工作的年限，每滿一年支付一個月工資的標準向勞動者支付。六個月以上不滿一年的，按一年計算；不滿六個月的，向勞動者支付半個月工資的經濟補償。

勞動者月工資高于用人單位所在直轄市、設區的市級人民政府公布的本地區上年度職工月平均工資三倍的，向其支付經濟補償的標準按職工月平均工資三倍的數額支付，向其支付經濟補償的年限最高不超過十二年。

本條所稱月工資是指勞動者在勞動合同解除或者終止前十二個月的平均工資。