在股權(quán)糾紛中，如果雙方當(dāng)事人對管轄法院有約定且約定有效的，應(yīng)適用其約定;沒有約定或約定不明，應(yīng)適用法律規(guī)定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管轄。對于被告所在地，人們一般不會有歧義。此外根據(jù)《民事訴訟法》中管轄的相關(guān)規(guī)定，以被告住所地或者出資協(xié)議履行地為基礎(chǔ)，但要綜合考慮公司所在地等因素來確定管轄法院。股東出資糾紛的表現(xiàn)很多：虛假出資糾紛、逾期出資糾紛、出資不足糾紛、抽逃出資糾紛等。因公司設(shè)立、確認(rèn)股東資格、分配利潤、解散等糾紛提起的訴訟，由公司住所地人民法院管轄。提起訴訟時，當(dāng)事人及其訴訟代理人申請人民法院調(diào)查收集證據(jù)，應(yīng)當(dāng)提交書面申請。申請書應(yīng)當(dāng)載明被調(diào)查人的姓名或者單位名稱、住所地等基本情況、所要調(diào)查收集的證據(jù)的內(nèi)容、需要由人民法院調(diào)查收集證據(jù)的原因及其要證明的事實。【法律依據(jù)】《中華人民共和國民事訴訟法》第二十一條對公民提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄;被告住所地與經(jīng)常居住地不一致的，由經(jīng)常居住地人民法院管轄。對法人或者其他組織提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄。

首先，股權(quán)轉(zhuǎn)讓糾紛屬于合同糾紛一種，由被告住所地或者合同履行地的人民法院管轄。其次，其他與公司有關(guān)的糾紛，由公司住所地人民法院管轄。
股權(quán)轉(zhuǎn)讓協(xié)議糾紛管轄權(quán)確定可以按照合同糾紛的規(guī)定確定。一般由合同履行地或者被告住所地人民法院管轄。如果股權(quán)轉(zhuǎn)讓協(xié)議中約定了有效的管轄協(xié)議，則根據(jù)管轄協(xié)議確定管轄法院。但雙方約定由合同簽訂地、原告住所地、標(biāo)的物所在地等與爭議有實際聯(lián)系的地點的人民法院管轄的，可以按照約定執(zhí)行。
股權(quán)轉(zhuǎn)讓糾紛的管轄，由被告住所地或合同履行地人民法院管轄。如果合同沒有實際履行，當(dāng)事人雙方住所地又都不在合同約定的履行地的，應(yīng)由被告住所地人民法院管轄。同時，法律賦予當(dāng)事人協(xié)議約定管轄法院的權(quán)利，即合同的雙方當(dāng)事人可以在書面合同中協(xié)議選擇被告住所地、合同履行地；合同簽訂地、原告住所地、標(biāo)的物所在地人民法院管轄，但不得違反民訴法對級別管轄和專屬管轄的規(guī)定。
法律依據(jù)：《中華人民共和國民事訴訟法》
第十七條基層人民法院管轄第一審民事案件，但本法另有規(guī)定的除外。
第十八條中級人民法院管轄下列第一審民事案件：
(一)重大涉外案件
(二)在本轄區(qū)有重大影響的案件
(三)最高人民法院確定由中級人民法院管轄的案件。
第十九條高級法院管轄
高級人民法院管轄在本轄區(qū)有重大影響的第一審民事案件。
第二十條最高人民法院管轄下列第一審民事案件：
(一)在全國有重大影響的案件
(二)認(rèn)為應(yīng)當(dāng)由本院審理的案件。
第二十一條對公民提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄告住所地與經(jīng)常居住地不一致的，由經(jīng)常居住地人民法院管轄。對法人或者其他組織提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄。同一訴訟的幾個被告住所地、經(jīng)常居住地在兩個以上人民法院轄區(qū)的，各該人民法院都有管轄權(quán)。