公司與公司的債務糾紛一般由雙方協商解決。若雙方無法協商或不愿意協商的，可以申請第三方組織調解，或根據雙方的仲裁約定，向相應仲裁機構申請仲裁。糾紛仍不能解決的，雙方可以提起訴訟。
【法律依據】
《中華人民共和國公司法》第三條
公司是企業法人，有獨立的法人財產，享有法人財產權。公司以其全部財產對公司的債務承擔責任。
有限責任公司的股東以其認繳的出資額為限對公司承擔責任；股份有限公司的股東以其認購的股份為限對公司承擔責任。
第六十三條
一人有限責任公司的股東不能證明公司財產獨立于股東自己的財產的，應當對公司債務承擔連帶責任。
《中華人民共和國民法典》第二百三十三條
物權受到侵害的，權利人可以通過和解、調解、仲裁、訴訟等途徑解決。