股份按以下處理：合并公司后，各個股東按照原來的持股數量，按照合并以后公司股權總額重新計算合并公司的股權份額，合并后公司的股權通過公司組建專業的評估小組對合并后的公司資產進行清算，確定新的注冊資金以及并購以后公司未來的發展每個人所做的貢獻來設置。
【法律依據】
《中華人民共和國公司法》第一百七十二條公司合并可以采取吸收合并或者新設合并。一個公司吸收其他公司為吸收合并，被吸收的公司解散。兩個以上公司合并設立一個新的公司為新設合并，合并各方解散。《中華人民共和國公司法》第一百七十三條公司合并，應當由合并各方簽訂合并協議，并編制資產負債表及財產清單。公司應當自作出合并決議之日起十日內通知債權人，并于三十日內在報紙上公告。債權人自接到通知書之日起三十日內，未接到通知書的自公告之日起四十五日內，可以要求公司清償債務或者提供相應的擔保。

股東不同意注銷公司的時候，也可以注銷，但是需要滿足一定的條件。《公司法》第四十三條規定：股東會的議事方式和表決程序，除本法有規定的外，由公司章程規定。股東會會議作出修改公司章程、增加或者減少注冊資本的決議，以及公司合并、分立、解散或者變更公司形式的決議，必須經代表三分之二以上表決權的股東通過。
第一百零三條規定：股東出席股東大會會議，所持每一股份有一表決權。但是，公司持有的本公司股份沒有表決權。此外，第一百八十三條規定：公司經營管理發生嚴重困難，繼續存續會使股東利益受到重大損失，通過其他途徑不能解決的，持有公司全部股東表決權百分之十以上的股東，可以請求人民法院解散公司。也就是說，股東需要持股比例達到三分之二以上才能強行通過注銷公司的決議或者通過司法手段解散公司。

法律依據:
《中華人民共和國公司法》
第四十三條 股東會的議事方式和表決程序，除本法有規定的外，由公司章程規定。股東會會議作出修改公司章程、增加或者減少注冊資本的決議，以及公司合并、分立、解散或者變更公司形式的決議，必須經代表三分之二以上表決權的股東通過。
第一百零三條 股東出席股東大會會議，所持每一股份有一表決權。但是，公司持有的本公司股份沒有表決權。
第一百八十三條 公司經營管理發生嚴重困難，繼續存續會使股東利益受到重大損失，通過其他途徑不能解決的，持有公司全部股東表決權百分之十以上的股東，可以請求人民法院解散公司。