以補充協議為準。補充協議并未改變主合同的主要目的，也就是買房賣房這個主合同目的未改變，只是在一些細節上的修改和補充，未經備案并不影響其法律效力，而且，補充協議是對主合同的修改和完善，即使是同時簽署的，也會以補充協議上的內容為準的。
簽訂購房合同補充協議的注意事項如下：
1、對所述套房面積及公攤面積的合理誤差應達成一致，以防止交房時在合同規定范圍內套房面積減少，增加公共面積。
2、要商定由銀行和開發商辦理公積金和商業貸款的原因辦不下來的問題，應當約定，在這種情況下，購房者可以選擇退房，開發商退還首付款和定金，目的是為了防止開發商退房，扣除購房者的定金，或者追究違約金。
3、要約定，開發商在交付房屋時提供測量房屋面積的數據，應約定如果開發商不提供，購房者可以退房或拒收，而開發商要按日支付，目的是防止購房者在裝修后因裝修等問題而被動。
4、我們要就物業費、停車費等具體金額達成協議，以防止開發商或物業公司在入住后提價，而購房者并沒有當初開發商承諾的依據。
5、商定帶裝修房屋的具體裝修標準，不得被開發商以"進口"、"高級"、""等不明確的描述誤導，應詳細約定與房屋有關的內外裝飾、設施的種類、型號、顏色、方向、可參考價格等因素，以免對裝修提出異議而無依據的情況。
6、要就開發商給購房者辦理產權證的具體時間達成約定，合同中只規定開發商提交材料的時間，目的是防止開發商無限期地給購房者辦理產權證，影響購房者行使權利。
7、商定房屋的屋蓋、外墻使用權歸業主，開發商使用時須經業委會同意，目的是防止開發商因商業用途而影響購房者的正常生活。
8、如果合同與補充協議中沒有約定或者約定不明確的，可以以開發商發布的廣告、宣傳品為相關內容的依據。
法律依據：
《中華人民共和國民法典》
第五百一十條
合同生效后，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充;不能達成補充協議的，按照合同相關條款或者交易習慣確定。