醫療事故糾紛處理程序是：
1、確認為醫療事故的，醫療機構應當按照規定向所在地衛生行政部門報告；
2、當事人申請衛生行政部門處理的，應當提出書面申請；
3、當事人可以自行協商解決，也可以經人民法院調解或者判決解決。
法律依據
《醫療事故處理條例》第三十七條
發生醫療事故爭議，當事人申請衛生行政部門處理的，應當提出書面申請。申請書應當載明申請人的基本情況、有關事實、具體請求及理由等。
當事人自知道或者應當知道其身體健康受到損害之日起1年內，可以向衛生行政部門提出醫療事故爭議處理申請。
《醫療事故處理條例》第四十三條
醫療事故爭議由雙方當事人自行協商解決的，醫療機構應當自協商解決之日起7日內向所在地衛生行政部門作出書面報告，并附具協議書。
《醫療事故處理條例》第四十四條
醫療事故爭議經人民法院調解或者判決解決的，醫療機構應當自收到生效的人民法院的調解書或者判決書之日起7日內向所在地衛生行政部門作出書面報告，并附具調解書或者判決書。