一、患者的初步證明責任;
我國的醫療事故糾紛訴訟以醫療機構承擔舉證責任倒置的證明責任為核心，但并不是說患方就不負有任何舉證責任。在醫療侵權損害賠償訴訟中，患者應當對其損害賠償請求權的成立，負有初步的舉證責任。即原告(患者)首先要證明其與醫療機構之間存在醫療服務合同關系，接受過被告醫療機構的診斷、治療，并因此受到損害的事實。損害包括病員生命和健康的損害，患者本人及其親屬的財產損害和經神損害等。接受醫療的事實可以通過掛號、交費等診療手續來證明。如果原告(患者)不能對上述問題提供證據予以證明，則其賠償請求權無法得到法院的支持，則原告將承擔敗訴的責任。
二、醫療機構承擔的舉證責任——舉證責任倒置;
從2002年4月1日起，在我國因醫療行為侵權的訴訟中，開始實行舉證方式上的重大改革。患者不再承擔對醫療行為與損害結果的因果關系以及醫療行為有無過錯的舉證責任，而改由醫療機構來承擔。這一轉變來源于2001年12月21日公布的《最高人民法院關于民事訴訟證據的若干規定》第四條第一款第(八)項，該規定為：“因醫療行為引起的侵權訴訟，由醫療機構就醫療行為與損害結果之間不存在因果關系及不存在醫療過錯承擔舉證責任。”這與《民事訴訟法》中“誰主張、誰舉證”的方式正好相反，即一方當事人提出的主張而由對方當事人承擔舉證責任。這就是通常被稱為的“舉證責任倒置”。
(一)醫療糾紛舉證責任倒置的依據
在醫療糾紛訴訟中，確定“舉證責任倒置”主要是基于從醫患雙方的舉證能力等因素考慮，由于醫患雙方地位的不平等與信息不對等，導致患方存在舉證上的障礙，因而以舉證責任倒置平衡雙方的利益關系，更好地保護當事人的合法權益，它可以概括為四個方面理由：
首先：患者的醫學知識非常有限，而醫療服務具有專業性強、技術性高的特點，患方往往處于被動服從的地位，其對醫學知識的匱乏以及對診療手段，診療方案等的有限了解很難提出證據證明醫療機構存在醫療過失行為。
其次：診療護理雖然都有病歷記載，但這些病歷都在醫師或醫院的實際控制和支配之中，患者無法接近或獲取。即使《醫療事故處理條例》規定患者有權復制病歷，也僅局限于門診病歷、住院志、醫囑單、醫學影像檢查資料等客觀病歷。而對于主觀病歷則患者很難取得，更談不上舉證，而按照舉證責任的實質分配標準，舉證責任應當由距離證據最近或者控制證據的一方當事人負擔，醫療機構則是距離證據最近、控制證據的一方，應由醫療機構負擔舉證責任。
再次：在有些特殊情況下，患者對醫療行為有無過失不可能認知、分辯。如患者處于植物人狀態等情況，而醫療機構則是完全可以控制、提供證據的。
最后：對因果關系和醫療過失的認定，涉及醫學領域中的專門問題，一般都要通過鑒定才能認定，而這種情況下醫療機構要做的不過是申請鑒定，啟動鑒定程序，并非加重醫療機構的舉證負擔。
(二)舉證責任倒置的適用范圍
首先：舉證責任倒置僅適用于因醫療行為引起的侵權訴訟。醫患類糾紛案件可以依民事責任法律性質分為醫療服務合同的違約糾紛訴訟和醫患間的侵權訴訟，而醫患間的侵權訴訟又可分為因醫療行為引起的侵權訴訟和因非醫療行為引起的侵權訴訟。《最高人民法院關于民事訴訟證據的若干規定》明確將舉證責任倒置僅限于因醫療行為引起的侵權訴訟，就意味著因非醫療行為引起的侵權訴訟和因醫療服務合同違約的訴訟均適用《民事訴訟法》規定的“誰主張、誰舉證”的舉證責任原則。
其次：舉證責任倒置僅適用于因果關系和過錯是否存在的范圍，醫療機構按照該規定的責任分配，是負責舉證說明自己的醫療行為與損害結果之間不存在因果關系及不存在醫療過錯，以解決醫患之間爭議的醫療行為是否恰當，是否是這種醫療行為給患者造成了損害的事實問題，而對于因醫療行為引起的侵權訴訟中的其他問題，仍應適用《民事訴訟法》規定的“誰主張、誰舉證”的原則。
再次：《最高人民法院關于民事訴訟證據的若干規定》對審判實踐中出現的濫用舉證責任倒置的現象從法律上予以限制在一定范圍內，對醫患雙方都是有利的。從患者方舉證責任分配的內容來說，需要通過舉證證明自己是適格的原告，所受侵害的權利是法律予以保護的，包括當事人自己的身份、與醫療機構醫療關系的存在、損害結果的存在和程度等內容;從醫療機構來說，舉證的目的是證明自己的行為與原告方的損害結果沒有因果關系以及不存在過錯等，包括醫療機構的資格、醫療關系是否存在、損害結果是否存在、醫療行為與后果的關系、醫療行為有無過錯、患者是否存在過錯等內容。