公安機關在刑事案件當中的立案偵查程序是接受受害人的報案，接下來就是對受害人的報案進行審查，經審查之后認為符合立案條件的話會作出立案的決定，隨后進入到偵查的工作。偵查的程序無非也就是開始偵查到偵查結束，偵查結束之后公安機關會把案件移交到人民檢察院。
一、公安立刑事立案偵查程序是什么?
1、公安機關對立案材料的接受
2、對立案材料的審查和處理
公安機關對于接受的案件或者發現的犯罪線索，應當迅速進行審查，經過審查分別作出以下處理：參見《公安機關辦理刑事案件程序規定》)
1)認為有犯罪事實，但不屬于自己管轄的案件，應當在24小時內，經縣級以上公安機關負責人批準，簽發《移送案件通知書》，移送有管轄權的機關處理;必須采取緊急措施的，應當先采取緊急措施，然后辦理手續，移送主管機關。
2)對于告訴才處理的案件和被害人有證據證明的輕微刑事案件，應當將案件材料和有關證據送交有管轄權的人民法院，并告知當事人向人民法院起訴。
3)對于不夠刑事處罰需要給予行政處罰的，依法處理。
4)認為沒有犯罪事實，或者犯罪情節顯著輕微不需要追究刑事責任，或者具有其他依法不追究刑事責任情形的，接受單位應當制作《呈請不予立案報告書》，經縣級以上公安機關負責人批準，不予立案;有控告人的案件應當制作《不予立案通知書》，七日內送達控告人。
5)認為有犯罪事實，需要追究刑事責任且屬自己管轄的，由接受單位制作《刑事案件立案報告書》，經縣級以上公安機關負責人批準予以立案。
二、公安機關偵查的程序
1、偵查行為
在我國，偵查行為既包括偵查人員依法進行的專門調查活動，又包括為防止現行犯、犯罪嫌疑人繼續犯罪、逃跑、毀滅證據或自殺等而采取的強制措施。根據刑事訴訟法的規定，我國偵查行為的體系，應當包含以下內容：詢問犯罪嫌疑人，詢問證人、被害人，勘驗、檢查、搜查，扣押物證、書證、鑒定、通緝、拘傳、取保候審、監視居住、拘留、逮捕等。
2、偵查終結
根據刑事訴訟法的規定，偵查終結的案件，應當根據案件的不同情況，分別作出移送審查起訴或者撤銷案件的處理決定。
(1)公安機關偵查終結的處理：公安機關偵查終結的案件，如果犯罪事實清楚，證據確實、充分，應當寫出“起訴意見書”，連同案卷材料、證據一并移送同級人民檢察院審查決定，若該案應由上級或同級其他人民檢察院審查起訴的，也先移至檢察院，由檢察院審查決定。對于犯罪情節輕微，依法不需要判處刑罰或可以免除刑罰的，公安機關在移送起訴時，可以注明具備不起訴條件，由人民檢察院審查決定起訴或者不起訴。
對于偵查中發現犯罪嫌疑人的行為不構成犯罪或者有其他依法不應追究刑事責任的情況的，應當做出撤銷案件的決定并制作撤銷案件決定書，犯罪嫌疑人已被逮捕的，應當立即釋放，發給釋放證明，并通知原批準逮捕的人民檢察院。
(2)人民檢察院偵查終結的處理：人民檢察院對于自己立案的案件，偵查終結后處理基本與公安機關相似。其不同之處是，人民檢察院偵查終結后的案件，對于符合提起公訴或者不起訴條件的案件，偵查部門制定“起訴意見書”或“不起訴意見書”，連同其他案卷材料一并移送審查起訴部門，由審查起訴部門進行審查，再根據審查起訴程序，做出提起公訴或不起訴的決定;對于需撤銷的案件，由偵查部門直接報請檢察長或檢察委員會作出決定。
3、補充偵查
(1)審查批捕階段的補充偵查
(2)審查起訴階段的補充偵查
(3)法庭審理階段的補充偵查
立案偵查的程序非常的簡單，關鍵是偵查的過程可能要比大家想象的困難很多，在公安機關對報案材料進行立案審查的這個過程當中，報案人能做的就只能是等待公安機關的通知。當然，等案件正式的進入到了偵查階段，必要的情況下肯定還會走訪報案人的，報案人也有義務配合公安機關的偵查工作。