檢察院起訴超期的處理方法是有可能作出不起訴的決定，或者退回公安機關補充偵查，人民檢察院也可以自行偵查。檢察院審查起訴的時間在一般情況下應該是一個月，重大復雜的刑事案件審查起訴的時間可以延長半個月，如果在一個半月之內都沒有提起公訴，當然不會直接放了犯罪嫌疑人。
一、檢察院起訴超期應該怎么處理?
對于檢察院過期沒有把案子呈送法院的，結果只有三種：
1、做決定不起訴處理;
2、退回公安局補充偵查;
3、自己補充偵查。
根據我國《刑事訴訟法》第一百七十一條： 人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料;認為可能存在本法第五十四條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。
人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。
對于補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院重新計算審查起訴期限。
對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。
該條就是對補充偵查的規定。也就是過期沒報法院，檢察院可能把案子延期了，退回公安局偵查或者自己偵查了。
根據我國《刑事訴訟法》第一百七十三條： 犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有本法第十五條規定的情形之一的，人民檢察院應當作出不起訴決定。
對于犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，人民檢察院可以作出不起訴決定。
二、檢察院審查起訴期限是多長?
《刑事訴訟法》第一百六十九條規定：人民檢察院對于偵查機關移送起訴的案件，應當在1個月以內作出決定，重大、復雜的案件，可以延長半個月。
人民檢察院審查起訴的案件，改變管轄的，從改變后的人民檢察院收到案件之日起計算審查起訴期限。該條對審查起訴的期限以及改變管轄后審查起訴期限的計算，都作出了明確的規定。這一規定是長期審查起訴經驗的總結，是符合準確、及時辦案要求的。
根據《刑事訴訟法》第一百七十一條第3款的規定：對補充偵查的案件，補充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院也要重新計算審查起訴期限。
以上規定的審查起訴的期限是針對犯罪嫌疑人被羈押的案件來說的，實踐中對犯罪嫌疑人未被羈押的案件，人民檢察院不受1個月至1個半月期限的限制，既可以在1個月至1個半月內完成，也可以超過這個期限，但是，必須貫徹迅速、及時原則，不得中斷對案件的審查。
此外，如果在審查起訴過程中犯罪嫌疑人在逃的，人民檢察院應當中止審查，并按照《刑事訴訟法》的有關規定作出通緝的決定并通知偵查機關執行。
共同犯罪中的部分犯罪嫌疑人在逃的，對在逃犯罪嫌疑人應當中止審查，對其他犯罪嫌疑人的審查起訴應當照常進行。中止審查應當由審查起訴部門負責人提出意見報請檢察長決定。中止審查的時間不計入審查起訴的期限。
人民檢察院經過審查，應當根據案件的不同情況，依法作出提起公訴或不起訴的決定。
超期的前提條件得建立在法律上，確實有嚴格的限制人民檢察院審查起訴的時間，可實際的情況是，法律上明確賦予了人民檢察院可以根據刑事案件的實際情況延長審查起訴的時間，而延長審查起訴時間的具體情形卻沒有明確的依據，所以，犯罪嫌疑人自己認為檢察院起訴已經超期了，但檢察院卻可以辦理到合法的延期手續。

審查起訴超過法定期限的情況下辯護人可以申請變更強制措施，但是在我國的程序法當中，幾乎都沒有規定過檢察院超期羈押要承擔的法律責任，所以審查起訴階段超期羈押的現象幾乎很普遍，檢察院不同意變更強制措施的，也很難實質追責。
一、檢察院審查起訴超過期限怎么辦?
可以申請變更強制措施，根據我國《刑事訴訟法》第九十九條的規定：“犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近親屬或者犯罪嫌疑人、被告人委托的律師及其他辯護人對于人民法院、人民檢察院或者公安機關采取強制措施超過法定期限的，有權要求解除強制措施。人民法院、人民檢察院或者公安機關對于被采取強制措施超過法定期限的犯罪嫌疑人、被告人應當予以釋放、解除取保候審、監視居住或者依法變更強制措施。”
我國《刑事訴訟法》第一百三十八條規定：人民檢察院對于公安機關移送起訴的案件，應當在1個月以內作出決定，重大復雜的案件，可以延長半個月。人民檢察院審查起訴的案件，改變管轄的，從改變后的人民檢察院收到案件之日起計算審查起訴期限。另外，《刑事訴訟法》第一百四十條規定，對于補充偵查的案件，應當在1個月以內補充偵查完畢，補充偵查以2次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院重新計算審查起訴期限。
二、審查起訴的內容
(1)犯罪嫌疑人身份狀況是否清楚，包括姓名、性別、國籍、出生年月日、職業和單位等;
(2)犯罪事實、情節是否清楚;認定犯罪性質和罪名是否正確、有無法定的從重、從輕、減輕或者免除處罰的情節;共同犯罪案件的犯罪嫌疑人在犯罪活動中的責任認定是否恰當;
(3)證據材料是否隨案移送，不移送的證據的清單、復制件、照片或者其他證明文件是否隨案移送;
(4)證據是否確實、充分;
(5)有無遺漏罪行和其他應當追究刑事責任的人;
(6)是否屬于不應當追究刑事責任的;
(7)有無附帶民事訴訟;對于國家財產、集體財產受到損失，是否需要由人民檢察院提起附帶民事訴訟;
(8)采取的強制措施是否適當;
(9)審查活動是否合法;
(10)與犯罪有關的財產及其孳息是否扣押、凍結并妥善保管，以共核查。對被害人合法財產的返還和違禁品或者不宜長期保存的物品的處理是否妥當，移送的證明文件是否完備。
對于犯罪嫌疑人來講，除了申請變更強制措施之外也沒有其他的解決辦法了。也不僅是人民檢察院，理論上我國的程序法只是相對的約束到了司法機關的辦案權，但是在羈押期限的這個問題上，超級羈押其實沒有任何有效的處理方法，因為立法對此并不完善。