延吉市城建檔案館設有10名職工，其中8人擁有大專以上學歷，其中包括7名專業技術人員，其中80%具有中高級職稱。檔案館設有五個職能科室，包括綜合管理科、檔案管理科、業務指導科、聲像編研科和法制信息科，分別承擔不同的職責。
綜合管理科在館長領導下，負責行政事務性工作，包括制定工作計劃、協調工作關系、檢查并督促上級指示和規定的執行、財務、勞資、人事、宣傳教育、文書處理、固定資產管理、會議與接待、報刊雜志征訂與圖書購買、綠化、環衛、安全、綜治等工作，并完成上級交辦的其他任務。
檔案管理科負責接收并管理工程檔案、規劃局移交的檔案及建設系統業務管理檔案，進行分類、編目、劃分密級、保管期限、著錄標引、入庫上架，并實施計算機管理。負責檔案的安全、保密、技術保護和庫房管理工作，進行檔案查閱接待計費，收集檔案利用信息反饋，編寫利用檔案效益實例，并完成上級交辦的其他任務。
業務指導科負責指導、學習、貫徹《檔案法》及與城建檔案工作相關的法律法規，做好建設工程檔案的執法監督和檢查工作，提供業務咨詢、現場指導、收集鑒定工作，把好進館檔案的質量關，做好檔案綜合服務收繳計費工作，參加重點工程、市政工程竣工檔案驗收，負責審查竣工檔案的編繪情況，并按規定督促移交進館，負責建設工程竣工檔案的初審發證工作和檔案驗收，負責辦理各類工程檔案的接收移交手續，并指導區、縣(市)城建檔案工作的業務。
聲像編研科負責聲像檔案的收集、制作、整理、入庫保管和提供利用工作，嚴格執行聲像檔案驗收標準，進行拍攝、收集具有保存價值的聲像檔案資料，負責城市建設專題片制作，進行重點工程、標志性建筑、舊城舊貌、道路橋梁和城建檔案工作方面的攝錄像工作，負責聲像檔案數字化工作，并完成上級交辦的其他任務。
法制信息科負責綜合管理建設行政執法、行政執法監督工作以及法制宣傳教育工作，承辦行政復議、行政賠償及行政應訴工作，負責城建檔案管理網絡建設和信息化建設工作，進行計算機局域網的維護管理、信息更新工作，做好建設信息中心的信息處理、信息摘編、信息傳輸、信息查詢等工作，并完成上級交辦的其他任務。