區分罪與非罪的界限
區別的關鍵在于逃離部隊的行為情節是否嚴重。對于情節不嚴重的逃離部隊的行為，應當按違反軍紀處理。
軍人逃離部隊又實施其他犯罪行為的定罪
對軍人逃離部隊時或者逃離部隊后又實施其他犯罪行為的定罪問題，應分別情況區別對待。如果軍人逃離部隊的行為本身已情節嚴重，構成逃離部隊罪的，應與其又實施的其他犯罪行為進行數罪并罰；如果軍人逃離部隊的行為本身沒有嚴重的情節，可將逃離部隊作為其他犯罪行為從重處罰的情節，不再定逃離部隊罪。
區分本罪與投敵叛變罪的界限
兩罪的區別在于：
1、主體要件不同。本罪的主體為特殊主體，只能是軍人；而投敵叛變罪的主體為一般主體，既可以是中國軍人也可以是其他中國公民。
2、投敵叛變罪要求行為人必須是以危害國家安全為目的，實施了投敵叛變的行為，而不管行為人是被勾引、策動、收買，還是被捕被俘后經不起考驗，而逃離部隊罪只表現為逃離部隊，并無投敵叛變的行為。如果軍人逃離部隊以后，又以危害國家安全為目的投敵叛變的，這就不僅觸犯逃離部隊罪，而且觸犯投敵叛變罪，一般應擇一個重罪即投敵叛變罪判刑。
區分本罪與戰時臨陣脫逃罪的界限
犯這兩種罪可能出于相似的犯罪動機，如害怕打仗，客觀上又都可能在一定程度上脫離部隊，其區別在于犯罪時是否面臨戰斗任務。前者主要指平時，即使發生在戰時，也都沒有面臨具體、明確的戰斗任務，如部隊正在向戰區開進或者在戰區休整待命等;而后者必須是面臨具體、明確的戰斗任務，因此只有發生在戰時和戰場上。
區分本罪與擅離軍事職守罪的界限
這兩種犯罪都有擅自離職的表現。其主要區別除了前者是故意犯罪，后者是過失犯罪外，逃離部隊罪的犯罪主體是所有現役軍人，其行為所違反的是現役軍人依法服兵役的職責要求，行為人必須已離開部隊；客觀上并不要求已造成嚴重后果，而擅離軍事職守罪的犯罪主體限定為指揮人員和值班、值勤人員，其行為發生在擔任指揮和值班、值勤任務時，所違反的是指揮和值班、值勤人員的特殊職責要求，行為人只需離開特定的崗位，不要求必須離開部隊，必須已造成嚴重后果。
區分本罪與軍人叛逃罪的界限
這兩種犯罪都有離隊不歸的行為。其主要區別在于前者以逃避服役為目的，并不要求逃至境外；后者則以背叛祖國為目的，而且必須逃至境外。軍人叛逃的行為本身必然包含了逃離部隊的行為。因此，在適用法律上，應根據重罪吸收輕罪的原則，以軍人叛逃罪論處，不能再定逃離部隊罪實行并罰。