對侵犯商業秘密罪的認定和處罰是：行為人有披露、使用或者允許他人使用以前項手段獲取的權利人的商業秘密等行為，情節嚴重的，會構成本罪，一般應處三年以下有期徒刑，并處或者單處罰金；情節特別嚴重的，處三年以上十年以下有期徒刑，并處罰金。

侵犯商業秘密行為的證據認定問題 1.公訴機關指控被告人侵犯商業秘密的舉證難。 這種舉證難主要表現在兩個方面：一方面表現為權利人的不配合。往往權利人對其擁有的商業秘密不愿提供作為證據，更不愿將技術信息送關相關部門進行鑒定，這就造成行為人侵犯商業秘密證據上存在問題。 2.對行為人泄露的信息是否屬商業秘密的鑒定問題。 如果具備鑒定的條件的話，有關技術信息應當委托專業權威部門進行鑒定。因為在審查行為人泄露的技術信息是否屬商業秘密時，往往會涉及很復雜的技術問題，法官對這類專業技術又知之甚少，如何來認定該專業技術屬商業秘密。在這種情況下，專業權威的鑒定就顯得尤為重要。因為專業人員對專業技術的國內外最新情況比較了解，其通過對資料檢索并進行對比分析后得出的結論，具有一定的科學性和客觀性。法官是中立裁判者，據以定案的鑒定結論必須進行當庭質證并聽取雙方意見后，結合其他證據進行全面審查判斷后決定是否采信。 關于損失的計算問題 中國刑法規定“給商業秘密的權利人造成重大損失”才構成犯罪，如何認定“重大損失”、什么是“重大損失”便成為區分罪與非罪的關鍵。“造成重大損失”是構成侵犯商業秘密罪必備要件。在刑事訴訟中，重大損失一般是指被害人由于犯罪人的犯罪行為而遭受的物質損失，就侵犯商業秘密而言，刑法未對“重大損失”的含義明確界定和說明。在司法實踐中，商業秘密的“重大損失”的計算大致有以下幾種： 1.以商業秘密權利人因侵權行為遭受的損失作為定罪量刑的依據。 商業秘密一旦被泄露，權利人的損失往往是無法彌補的。在刑事審判中普遍認為這種損失應當指實際損失，而實際損失既包括直接損失和權利人必然失去的現實利益。而且侵犯商業秘密給權利人造成的損失不能僅僅以數額為標準，應當在重點考慮研制開發成本、利用周期、成熟程度、市場前景等直接因素的基礎上，綜合考慮各種相關因素，如競爭優勢地位的喪失、商業信譽的下降等 2.以侵權人因侵權行為獲得的利益作為損失。 這種損失的計算以侵權人未再向他人泄露為前提。對于將商業秘密出賣給他人的，以其出賣收入加上買受人使用后的獲利額為損失額；使用商業秘密進行生產經營活動的，以其獲得的利潤為損失額。在計算侵權人所獲得的利潤時，不能簡單地以銷售額為獲利額，也不能以已生產的產品總價款乘以平均利潤率為獲利額。一般情況下，以銷售額乘以平均利潤率為獲利額較為妥當。 3.以不低于商業秘密使用許可的合理使用費作為損失。 這是一種以正常許可使用的費用推定損失額的計算法，但并不意味著侵權人就此取得了該商業秘密的合法使用權。同時值得一提的是，這也不是簡單地將商業秘密的自身價值等同于損失。商業秘密是無形財產，其與有形財產有重大區別。侵權人使用商業秘密的同時，并沒有排斥合法權利人的使用。況且，大多數情況下，侵權人實施盜竊等不法行為取得商業秘密后，不久就被發現、制止，給被害人造成的損失遠遠小于商業秘密自身的價值。

法律分析：侵犯商業秘密罪立案條件如下：1、給商業秘密權利人造成損失數額在五十萬元以上的；2、因侵犯商業秘密違法所得數額在五十萬元以上的；3、致使商業秘密權利人破產的；4、其他給商業秘密權利人造成重大損失的情形。

法律依據：《最高人民檢察院公安部關于公安機關管轄的刑事案件立案追訴標準的規定(二)》 第七十三條 侵犯商業秘密，涉嫌下列情形之一的，應予立案追訴:(一)給商業秘密權利人造成損失數額在五十萬元以上的;(二)因侵犯商業秘密違法所得數額在五十萬元以上的;(三)致使商業秘密權利人破產的;(四)其他給商業秘密權利人造成重大損失的情形。