仲裁制度和民事訴訟法律制度都是解決平等主體當事人之間的爭議和糾紛，盡管作為程序法律制度具有諸多的相同點，但它們畢竟屬于不同性質的法律制度。因此，不可避免地存在諸多的區別。下面僅就一些顯著的區別予以闡述。
1. 受案范圍不同。根據《仲裁法》，平等主體的公民、法人和其他組織之間發生的合同糾紛和其他財產權益糾紛，可以仲裁。不能仲裁的糾紛包括婚姻、收養、監護、撫養、繼承糾紛：依法應當由行政機關處理的行政爭議。民事訴訟的受案范圍是除行政訴訟，刑事訴訟之外的所有民事糾紛?？梢?，可仲裁的事項被重合于民事訴訟的受案范圍，但要小于民事訴訟的受案范圍。
2．啟動程序的主體的意思表示不同。啟動仲裁程序，必須是當事人各方的合意或共同的意思表示。必須是雙方選擇的一致性，體現出雙方的自愿，其表現形式是雙方在合同中訂有仲裁條款；或者雖然在合同中沒有仲裁條款，但必須達成專門的仲裁協議，包括在爭議和糾紛發生前或發生后均可，并且要選定具體的仲裁機構。而訴訟的發生則不需要雙方的自愿，可以是單方的自主行為。
3．訴訟實行地域管轄和級別管轄，仲裁則實行協議管轄。仲裁機構之間不存在上下級之間的隸屬關系，仲裁不實行級別管轄和地域管轄。當事人之間約定仲裁條款或簽訂仲裁協議時，可以在全國范圍內選擇確定裁決水平高、信譽好的仲裁機構。而人民法院分為四級，上級法院對下級法院具有監督、指導的職能，訴訟實行級別管轄和地域管轄。
4．訴訟當事人不能選擇審判員，也不能超過管轄級別選擇管轄法院，而仲裁活動的當事人既可以選擇仲裁機構，還可以選擇仲裁員。依照仲裁法，當事人約定由三名仲裁員組成仲裁庭的，應當各自選定或者各自委托仲裁委員會主任指定一名仲裁員，第三名仲裁員由當事人共同選定或者共同委托仲裁委員會主任指定仲裁員。
5．訴訟實行公開審理，而仲裁實行不公開審理。法院開庭審理一般公開進行，只有涉及國家秘密、個人隱私或法律另有規定的，不公開審理。而仲裁庭審理案件一般不公開進行，除非當事人要求公開審理。
6．仲裁實行一裁終局，訴訟則實行兩審終審。仲裁實行一裁終局制，即依據仲裁協議，一方當事人申請仲裁，仲裁庭開庭后作出的裁決，是最終的裁決，立即發生法律上的效力。而訴訟則實行兩審終審制，一個案件經過兩級人民法院審理，即告終結。
7．強制程度不同。辦案依程序進行之中，仲裁機構對于干擾仲裁活動的當事人，無行使強制措施的權力。而人民法院則可以對干擾訴訟活動的當事人采取拘傳、訓誡、責令退出法庭、罰款、拘留的強制措施。仲裁機構作出裁決，當事人拒不履行裁決確定的義務時，仲裁機關無強制執行的權力，只能由一方當事人持裁決書申請人民法院執行。人民法院作出的生效判決，當事人拒不履行義務時，人民法院可以自行決定或者依當事人的申請，采取強制執行的措施。