抵押合同的生效是從雙方簽訂抵押合同時起，合同生效。如果一方違約，違約方要承擔違約責任。
抵押權的設立是從抵押合同在登記部門登記后，開始設立抵押權。
正常情況下是，抵押合同生效在前，抵押權設立在后。不存在抵押合同生效和抵押權設立同時的情況。
如果抵押合同生效，而未去登記，債務人將抵押物又抵押給了第三人，并辦理了登記，此時的抵押權歸第三人，債權人可以依據抵押合同向債務人主張賠償。
如果抵押合同無效，而抵押權又設立了，那么又牽扯到登記部門的違規，如果登記部門在沒有過錯的情況下，債權人直接主張債務人進行賠償就可以。
另外還有個前提：第三人必須是善意第三人。

1)抵押合同是抵押當事人為設定抵押權而簽訂的，房地產抵押合同應在登記之日起生效。在司法實踐中，對未登記的房地產抵押合同，仍是認可其債權的效力，如對抵押人違背誠實信用原則，在簽訂抵押合同后拒絕辦理登記手續，致使債權人受到損失的，仍應承擔相應的民事責任。
(2)登記機關受理登記的時間和核準登記的時間
登記機關受理登記的時間是抵押當事人提出抵押登記申請的時間。登記機關對先受理的登記申請會先予核準登記。在同一房地產上設定多個抵押權時，涉及優先受償的位次時，就應當以登記機關核準登記的時間先后來確定。
(3)當事人約定的抵押期限和登記機關登記的期限
抵押期限是在實際工作中最會引起爭議的問題。以往，權屬證書上使用的是“權利存續期限”，很容易被理解為抵押權存在的期限、即超過這一期限抵押權歸于消滅。在1997年建設部統一監制房屋權屬證書時，已將此欄目改為“約定期限”，但還是易于對抵押期限產生歧義。
抵押權作為一種物權，只能因法律的原因而消滅。當事人約定的或者登記部門要求登記的擔保期間，對擔保物權的存續不具有法律約束力。在物權法的立法中，對于抵押合同條款中約定抵押權存續期間的，也傾向于規定其為無效。