合同補充協議簽署在后，一般以補充協議所約定內容為準。
具體依據如下：
1、補充協議中一般都會在尾部寫明“原合同與本補充協議不一致的，以本補充協議為準 ”；
2、依照相關法律規定，當事人協商一致，可以變更合同；
合同的定義和身份關系協議的法律適用：
1、合同是民事主體之間設立、變更、終止民事法律關系的協議；
2、婚姻、收養、監護等有關身份關系的協議，適用有關該身份關系的法律規定；
3、沒有規定的，可以根據其性質參照適用規定。
合同的約束力主要表現為：
1、當事人不得擅自變更或者解除合同；
2、當事人應按合同約定履行其合同義務；
3、當事人應按誠實信用原則履行一定的合同外義務，如完成合同的報批、登記手續以使合同生效。
4、自成立起，合同當事人都要接受合同的約束；
5、如果情況發生變化，需要變更或解除合同時，應協商解決，任何一方不得擅自變更或解除合同；
6、除不可抗力等法律規定的情況以外，當事人不履行合同義務或履行合同義務不符合約定的，應承擔違約責任；
7、合同書是一種法律文書，當事人發生合同糾紛時，合同書就是解決糾紛的根據。
綜上所述，簽訂的補充協議和原合同是不存在沖突的，一旦存在沖突的時候那么應當雙方進行協商處理，如果雙方協議不成的話，那么這個補充協議原則上來說是沒有法律效益的。
【法律依據】：
《中華人民共和國民法典》第五百一十條
合同生效后，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充；不能達成補充協議的，按照合同相關條款或者交易習慣確定。

補充協議無效的情況如下：
1、沒有簽字確認的補充協議無效；
2、不是真實意思表示的補充協議無效；
3、違反法律規定的補充協議無效；
4、損害第三人和社會公共利益的補充協議無效。
補充協議生效條件如下：
1、只要不違反法律的禁止性和限制性規定，且充分尊重當事人雙方的意思自治，協議內容合法有效的話，補充協議與主合同的效力是同等的；
2、在補充協議與主合同發生沖突時，視為對主合同的變更或撤消，其效力優于主合同。即補充合同中與主合同相沖突的條款，補充協議的條款優先適用；
3、雙方需要在補充協議中明確補充原合同的效力范圍，明確補充主合同是在原來的范圍之內生效還是有所變動、如何變動等。
補充協議產生糾紛的解決方式如下：
1、協商。協商和解是由爭議各方根據合同約定的違約責任和各方實際情況，自行協商而不需通過司法程序解決糾紛的方式；
2、調解。調解通常由各方互諒互讓為原則進行；
3、仲裁。當事人不愿和解、調解或者和解、調解不成的，可根據仲裁協議向仲裁機構申請仲裁；
4、訴訟。如果當事人一方不愿仲裁，則不能采用仲裁的方式、而只能采用訴訟的方式來解決雙方當事人之間的爭議。所以，訴訟是解決合同糾紛的最終形式。
綜上所述，合同補充協議是對原合同未盡事宜，或者合同履行過程新發生的情況而另外進行的約定。當補充協議的約定與原合同的約定不發生矛盾時，補充協議和原合同都有效。當補充合同的約定與主合同的約定發生矛盾時，應該以時間在后的約定條款為準執行。所以，補充合同的效力優于主合同的效力。補充協議不符合法定有效條件的是無效的。無效的或者被撤銷的民事法律行為自始沒有法律約束力。
【法律依據】：
《中華人民共和國民法典》第一百四十六條
行為人與相對人以虛假的意思表示實施的民事法律行為無效。
以虛假的意思表示隱藏的民事法律行為的效力，依照有關法律規定處理。
第一百五十三條
違反法律、行政法規的強制性規定的民事法律行為無效。但是，該強制性規定不導致該民事法律行為無效的除外。
違背公序良俗的民事法律行為無效。
第一百五十四條
行為人與相對人惡意串通，損害他人合法權益的民事法律行為無效。