若員工因疫情原因導致被隔離5天,而在隔離期間公司無故克扣工資,這種行為是不合法的。如果員工沒有違反防疫基本原則、也沒有不遵守相關法律法規的情況下，克扣工資這一行為是不合法的。
一、在員工沒有違反新冠疫情防控基本規定的情況下，不論是因個人原因又或是其他原因，被強制隔離（新冠肺炎確診者、病原攜帶人員、疑似病患、密切接觸人群）進而無法正常出勤上班的員工，公司是需按正常上班給員工分發疫情隔離期間的薪水。
二、如若是不屬于被強制隔離的情況，是疫情封閉區、跨市出行、居家隔離等其他原因而造成的隔離，則工資的支付分別列為以下三類：
1、隔離期可以工作。當公司和員工協商后，在隔離期可以通過網絡待家辦公的，公司按照正常上班發放工資。
2、居家隔離期間無法在家辦公，但享有帶薪假的。當雙方商議后，員工可以在這期間提前抵消帶薪假期，公司需以原有的休假規定發放薪資。隔離期間天數超出規定的帶薪假期天數的，則按照第三類情況分發工資。
3、隔離期沒有辦法居家工作，且公司沒有安排帶薪年假的。員工未出勤時間在一個月內的，公司按簽訂的勞動合同內的約定支付薪資；高于一個工資支付周期的，公司則只發放維持生活的費用。各地發放標準都有可能不同，河南省是不能低于當地最低工資標準的百分之80。
【法律依據】《中華人民共和國傳染病防治法》第四十一條款規定：在隔離期間，實施隔離措施的人民政府應當對被隔離人員提供生活保障；
被隔離人員有工作單位的，所在單位不得停止支付其隔離期間的工作報酬。
《人力資源社會保障部辦公廳關于妥善處理新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控期間勞動關系問題的通知》第一條規定：
對新型冠狀病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接觸者在其隔離治療期間或醫學觀察期間以及因政府實施隔離措施或采取其他緊急措施；
導致不能提供正常勞動的企業職工，企業應當支付職工在此期間的工作報酬，并不得依據勞動合同法第四十條、四十一條與職工解除勞動合同。
在此期間，勞動合同到期的，分別順延至職工醫療期期滿、醫學觀察期期滿、隔離期期滿或者政府采取的緊急措施結束。

法律分析：1.個別小區實行封閉管理員工無法正常上班，有員工從外地返漢需居家隔離觀察，工資應該如何發放？在此期間，企業應主動與員工溝通，安排員工通過電話、網絡等方式居家辦公的，按正常勞動支付工資；企業經與員工協商一致，統籌安排員工休年休假、自設福利假等各類假的，按照相關假期規定支付工資。對用完各類休假仍不能上班的，企業與員工協商，在一個工資支付周期內的，按照勞動合同規定的標準支付工資；超過一個工資支付周期的，可按不低于我市最低工資標準的70%發放生活費。法律依據：《關于妥善處理新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控期間勞動關系問題的通知》 明確對新型冠狀病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接觸者在其隔離治療期間或醫學觀察期間以及因政府實施隔離措施或采取其他緊急措施導致不能提供正常勞動的企業職工，企業應當支付職工在此期間的工作報酬，并不得依據勞動合同法第四十條、四十一條與職工解除勞動合同。

疫情在家隔離，工資的計算辦法：如果企業停工停產，在一個工資支付周期內的，仍按勞動合同規定的標準來發工資；如果超過一個工資支付周期，員工提供了正常的勞動，則發放的工資不能低于當地的最低工資標準；若未提供勞動的，則只發放生活費。
法律依據
《關于妥善處理新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控期間勞動關系問題的通知》第二條
企業因受疫情影響導致生產經營困難的，可以通過與職工協商一致采取調整薪酬、輪崗輪休、縮短工時等方式穩定工作崗位，盡量不裁員或者少裁員。符合條件的企業，可按規定享受穩崗補貼。企業停工停產在一個工資支付周期內的，企業應按勞動合同規定的標準支付職工工資。超過一個工資支付周期的，若職工提供了正常勞動，企業支付給職工的工資不得低于當地最低工資標準。職工沒有提供正常勞動的，企業應當發放生活費，生活費標準按各省、自治區、直轄市規定的辦法執行。