疫情期間被隔離公司以年假抵扣是不合法的，因疫情影響，用人單位延遲復(fù)工或未返崗期間等不能提供正常勞動的職工休假期間，經(jīng)與職工協(xié)商，用人單位可以用職工的年休假等假期相抵工作日。
一、對年休假與這些休假的關(guān)系作了明確規(guī)定：
1、第一，年休假與寒暑假。在中國，學(xué)校一直實行寒暑假制度，教職員工享受的寒暑假天數(shù)（寒假2至3周，暑假5至6周）遠遠超過條例規(guī)定的年休假天數(shù)。因此，條例規(guī)定：職工依法享受寒暑假，其休假天數(shù)多于年休假天數(shù)的，不享受當(dāng)年的年休假。
2、第二，年休假與病、事假。征求意見過程中，一些部門、地方和網(wǎng)民提出，在保障職工年休假權(quán)利的同時，也要保證單位正常的工作秩序，對于較長時間休病假、請事假的職工，不應(yīng)當(dāng)再享受年休假待遇。我們經(jīng)與人事部、勞動保障部、全國總工會反復(fù)研究，采納了上述意見，條例規(guī)定：職工請事假累計20天以上且單位按照規(guī)定不扣工資的，不享受當(dāng)年的年休假；累計工作滿1年不滿10年的職工請病假累計2個月以上的，累計工作滿10年不滿20年的職工請病假累計3個月以上的，累計工作滿20年以上的職工請病假累計4個月以上的，不享受當(dāng)年的年休假。
3、第三，年休假與探親假。征求意見過程中，一些部門、地方和網(wǎng)民提出，探親假與年休假是兩種功能不同的休假制度，不應(yīng)互相沖抵。我們經(jīng)與有關(guān)部門研究，認為這種意見有道理。
二、職工有下列情形之一的，不享受當(dāng)年的年休假：
（一）職工依法享受寒暑假，其休假天數(shù)多于年休假天數(shù)的；
（二）職工請事假累計20天以上且單位按照規(guī)定不扣工資的；
（三）累計工作滿1年不滿10年的職工，請病假累計2個月以上的；
（四）累計工作滿10年不滿20年的職工，請病假累計3個月以上的；
（五）累計工作滿20年以上的職工，請病假累計4個月以上的。
三、帶薪年休假工資待遇的計算
（1）帶薪休假工資
帶薪年休假，顧名思義，在帶薪年休假期間，職工享受與正常工作期間相同的工資收入。這里比較特殊的是如何理解實行計件工資、提成工資或者其他實行績效工資制職工的正常工資。對于這些員工應(yīng)當(dāng)先計算其前12個月的月平均工資，其中不包含加班工資，再除以計薪日天數(shù)即21.75，才得出正常的日工資。
（2）應(yīng)休未休的處理
只有在用人單位安排職工休年休假，但是職工因本人原因且書面提出不休年休假的情況下，用人單位才可以只支付職工正常工作期間的工資收入；其他情況下對職工應(yīng)休未休的年休假天數(shù)，單位應(yīng)當(dāng)按照該職工日工資收入的300%支付年休假工資報酬。這就意味著即便用人單位經(jīng)職工同意不安排年休假以及對于職工離職未休年休假的，用人單位都應(yīng)按照該職工日工資收入的300%支付年休假工資報酬。
法律依據(jù)：
《職工帶薪年休假條例》
第二條
機關(guān)、團體、企業(yè)、事業(yè)單位、民辦非企業(yè)單位、有雇工的個體工商戶等單位的職工連續(xù)工作1年以上的，享受帶薪年休假（以下簡稱年休假）。單位應(yīng)當(dāng)保證職工享受年休假。職工在年休假期間享受與正常工作期間相同的工資收入。
第三條
職工累計工作已滿1年不滿10年的，年休假5天；已滿10年不滿20年的，年休假10天；已滿20年的，年休假15天。國家法定休假日、休息日不計入年休假的假期。

法律主觀：

用人單位有年休假安排權(quán)，強制安排勞動者同意休年休假不違法，用人單位可以統(tǒng)籌安排勞動者年休假，且并不必然需要征的勞動者的同意，能協(xié)商一致固然好，休年休假還是要考慮勞動者本人的意愿。但若勞動者不同意公司的年休假安排，可以向公司書面提出申請不休年休假。不過，人社部在疫情期間發(fā)布文件提出與職工協(xié)商優(yōu)先使用帶薪年休假、企業(yè)自設(shè)福利假等各類假，考慮到用人單位的用工成本，安排休年休假還是有具有一定的合理性的。

法律客觀：

《職工帶薪年休假條例》第二條機關(guān)、團體、企業(yè)、事業(yè)單位、民辦非企業(yè)單位、有雇工的個體工商戶等單位的職工連續(xù)工作1年以上的，享受帶薪年休假（以下簡稱年休假）。單位應(yīng)當(dāng)保證職工享受年休假。職工在年休假期間享受與正常工作期間相同的工資收入。《職工帶薪年休假條例》第三條職工累計工作已滿1年不滿10年的，年休假5天；已滿10年不滿20年的，年休假10天；已滿20年的，年休假15天。國家法定休假日、休息日不計入年休假的假期。《職工帶薪年休假條例》第四條職工有下列情形之一的，不享受當(dāng)年的年休假：（一）職工依法享受寒暑假，其休假天數(shù)多于年休假天數(shù)的；（二）職工請事假累計20天以上且單位按照規(guī)定不扣工資的；（五）累計工作滿20年以上的職工，請病假累計4個月以上的。

疫情期間可以用年假填充停工期限。因疫情影響，用人單位延遲復(fù)工或未返崗期間等不能提供正常勞動的職工休假期間，經(jīng)與職工協(xié)商，用人單位可以用職工的年休假等假期相抵工作日。如果職工用完各類假期但是仍不能提供正常勞動，用人單位可以按照國家關(guān)于停工、停產(chǎn)期間工資支付相關(guān)規(guī)定與職工協(xié)商：在一個工資支付周期內(nèi)的，按照勞動合同規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)支付工資;超過一個工資支付周期的，用人單位應(yīng)當(dāng)按照有關(guān)規(guī)定發(fā)放生活費，江蘇省的生活費標(biāo)準(zhǔn)是不低于當(dāng)?shù)刈畹凸べY標(biāo)準(zhǔn)的80%。
《中華人民共和國勞動爭議調(diào)解仲裁法》
第二條 中華人民共和國境內(nèi)的用人單位與勞動者發(fā)生的下列勞動爭議，適用本法：
（一）因確認勞動關(guān)系發(fā)生的爭議；
（二）因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發(fā)生的爭議；
（三）因除名、辭退和辭職、離職發(fā)生的爭議；
（四）因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓(xùn)以及勞動保護發(fā)生的爭議；
（五）因勞動報酬、工傷醫(yī)療費、經(jīng)濟補償或者賠償金等發(fā)生的爭議；
（六）法律、法規(guī)規(guī)定的其他勞動爭議。
第二十七條 勞動爭議申請仲裁的時效期間為一年。仲裁時效期間從當(dāng)事人知道或者應(yīng)當(dāng)知道其權(quán)利被侵害之日起計算。
前款規(guī)定的仲裁時效，因當(dāng)事人一方向?qū)Ψ疆?dāng)事人主張權(quán)利，或者向有關(guān)部門請求權(quán)利救濟，或者對方當(dāng)事人同意履行義務(wù)而中斷。從中斷時起，仲裁時效期間重新計算。因不可抗力或者有其他正當(dāng)理由，當(dāng)事人不能在本條第一款規(guī)定的仲裁時效期間申請仲裁的，仲裁時效中止。從中止時效的原因消除之日起，仲裁時效期間繼續(xù)計算。勞動關(guān)系存續(xù)期間因拖欠勞動報酬發(fā)生爭議的，勞動者申請仲裁不受本條第一款規(guī)定的仲裁時效期間的限制；但是，勞動關(guān)系終止的，應(yīng)當(dāng)自勞動關(guān)系終止之日起一年內(nèi)提出。