醫療事故鑒定的鑒定部門是醫學會。具體是：設區的市級地方醫學會和省、自治區、直轄市直接管轄的縣(市)地方醫學會負責組織首次醫療事故技術鑒定工作。省、自治區、直轄市地方醫學會負責組織再次鑒定工作。

根據我國《醫療事故處理條例》第二十一條規定，設區的市級地方醫學會和省、自治區、直轄市直接管轄的縣(市)地方醫學會負責組織首次醫療事故技術鑒定工作。省、自治區、直轄市地方醫學會負責組織再次鑒定工作。
必要時，中華醫學會可以組織疑難、復雜并在全國有重大影響的醫療事故爭議的技術鑒定工作。