達到下列標準妨害動物檢疫罪才能立案：
1、違反國家動物檢疫規定，引起重大動物疫情的；
2、違反國家動物檢疫規定，存在引起重大動物疫情危險，且非法處置疫區內易感動物或其產品的貨值金額超過5萬元、需要被依法處理的動物或者其產品的貨值金額超過2萬元等情形的。
【法律依據】
《關于公安機關管轄的刑事案件立案追訴標準的規定（一）的補充規定》九
違反有關動植物防疫、檢疫的國家規定，引起重大動植物疫情的，應予立案追訴。
違反有關動植物防疫、檢疫的國家規定，有引起重大動植物疫情危險，涉嫌下列情形之一的，應予立案追訴：
（一）非法處置疫區內易感動物或者其產品，貨值金額5萬元以上的；
（二）非法處置因動植物防疫、檢疫需要被依法處理的動植物或者其產品，貨值金額2萬元以上的。

妨害動物防疫罪的處罰標準是處三年以下有期徒刑或者拘役，并處或者單處罰金。妨害動植物防疫、檢疫罪是指妨害動植物防疫、檢疫罪是指違反有關動植物防疫、檢疫的國家規定，引起重大動植物疫情的，或者有引起重大動植物疫情危險，情節嚴重的行為。
【法律依據】
《刑法》第三百三十七條
違反有關動植物防疫、檢疫的國家規定，引起重大動植物疫情的，或者有引起重大動植物疫情危險，情節嚴重的，處三年以下有期徒刑或者拘役，并處或者單處罰金。
單位犯前款罪的，對單位判處罰金，并對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照前款的規定處罰。