當男性在妻子懷孕期間出軌，若男方同意離婚，雙方可以協商一致并辦理協議離婚手續。如果男方不同意，女方則可直接向法院提起離婚訴訟。以訴訟離婚為例，法院在審理過程中首先會進行調解。若法院判斷夫妻感情已破裂，且調解無果，則會準予離婚。法律依據為《民法典》第一千零七十九條。
在訴訟離婚的案件中，法院首先會進行調解，以期雙方能和解。若調解失敗，法院會根據是否符合法律規定的離婚條件來判定是否準予離婚。具體來說，如果男方存在重婚、與他人同居、家庭暴力、虐待或遺棄家庭成員、賭博、吸毒等惡習屢教不改、因感情不和分居滿二年或存在其他導致夫妻感情破裂的情形，即使調解無效，法院也會準予離婚。如果一方被宣告失蹤，另一方提起離婚訴訟，法院也會準予離婚。在被法院第一次判決不準離婚后，雙方又分居滿一年，一方再次提起離婚訴訟，法院也會準予離婚。

  (一)男方不得提離婚的情形1、女方在懷孕期間;2、女方在分娩后一年內;3、女方中止妊娠后六個月內。當然這個限制不是絕對的，前述情形如果是女方提出離婚的，或人民法院認為確有必要受理男方離婚請求的，不在此限。“確有必要”的情形比如男方認為孩子不是自己的孩子。具體的“確有必要受理男方離婚請求的”，可以參看審判實踐，具體審判根據當事人的具體情況而定。無論哪一方提出的離婚，下列情形人民法院不予受理：1、調解和好，沒有新情況、新理由，六個月內又起訴的;2、原告自動撤訴，沒有新情況、新理由，六個月內又起訴的;3、按撤訴處理的離婚案件，沒有新情況、新理由，六個月內又起訴的。  (二)軍人配偶提起離婚的情形同時，現役軍人作為普通公民，其離婚一樣受到上述限制，然而由于其特殊的性質，法律作出了另一個限制，即現役軍人的配偶要求離婚，須得軍人同意，軍人一方有重大過錯的除外。

男性在妻子懷孕期間出軌，若兩人同意離婚，應簽訂書面協議，親自前往婚姻登記機關辦理離婚手續。法律規定，女性懷孕期間、分娩一年內或終止妊娠六個月內，男方不得提出離婚，除非女方主動要求離婚或法院認為有必要受理男方離婚請求。關于子女撫養費，離婚后，由一方直接撫養子女的，另一方需承擔部分或全部撫養費用，費用分擔及期限由雙方協商，協商不成時，由法院判決。
若離婚后雙方愿意復婚，應回到婚姻登記機關重新進行結婚登記。復婚程序與初次結婚類似，需要提供相關證件并按照法定程序完成結婚登記手續。在處理此類復雜家庭事務時，建議咨詢專業律師，確保法律權益得到充分保護，避免未來可能出現的糾紛。