小產權房不能進行公證，公證的基礎是要合法，小產權房是不合法的，所以即使公證也是無效的;所謂小產權是國家不認可的，更不能上市交易的，公證處當然不能做這種公證，即使做了國家也是不認可的。
購買在建小產權房時，購房人與開發商簽訂合同并交付房款后，如果相關部門整頓鄉產權房的建設項目，可導致部分項目停建甚至被強迫拆除。購房人會面臨既無法取得房屋，又不能及時索回房款的尷尬境地。
小產權房如何交易?
1、買賣雙方先簽訂《房屋買賣合同》。
2、賣方處理好房屋未能滿足交易過戶條件的相關事宜(比如原有抵押貸款的，是轉按還是提前歸還了貸款，涂銷了原有的抵押后再進行交易等等)。
3、買方如果是按揭貸款購房的，找銀行申請貸款，并取得銀行的書面答復。(買方是一次性付款的，此步驟就不需要了)
4、雙方按當地房管局的要求帶備房產證、身份證等原件，前往房產交易所辦理交易申請。如果當地要求遞件前有部分稅費或費用是先繳交的，備好款項。
5、成功遞件并取得房產交易所收件回執后，買方付按約定首期房款給賣方。
小產權房如何辦理房產證？
小產權房是直接辦不了房產證的，只有通過過戶才可以取得房產證。
1、小產權房屋開發人根據建房批復，城填規化許可證到土管局交納一定量的土地出讓金，變集體土地為國有土地。
2、小產權的建筑商到地稅部門交納百分之四點叁捌的建筑環節稅收。
3、根據變更的國有土地使用證和交納的建筑環稅收票證、建房批復、城鎮規化許可證到房管部門辦理房屋總證。
4、房屋購買者憑房屋總證，房屋產權過戶表，賣買雙方身份證復印件，購買房屋合同到財政部門(農村財政稅收和農村財務管理局)交納契稅稅。
5、到地稅部門交納房屋銷售環節的各項稅收。
6、憑以上各種手續和交納的稅收票據或稅收減免證到房屋管理部門辦理房產權手續。

小產權房的合同是不可以公證的，小產權房的合同本身并不具備效力，產權也不明確，公證處是不會給小產權房辦理公證的，此外像是律師見證也沒有用，很多的小產權房交易會找個律師做見證，其實也沒有什么意義，小產權房的交易本身就是不合規的。
小產權房有什么風險
1、沒有房產證、產權證
按照法律的角度來看，小產權房指的是沒有產權的房屋。也就是說這類房子是沒有國家頒發的土地使用證和預售許可證，當然購房合同也不可能在房管局備案。因此，無法擁有一本合法合規，有效的房產證。
此外，小產權房還無法辦理產權證。因為辦理產權證，需要擁有國有土地使用證、建設用地規劃許可證、建設工程規劃許可證、建筑工程施工許可證及商品房銷預售許可證。而這些小產權房的開發者是不具備五證，因此小產權房購買者無法到房管部門辦理相關房屋產權證。所以，小產權房是沒有房產證以及產權證的。
2、不能貸款、不能過戶
由于小產權房土地性質的原因，它只有居住功能，就連購房貸款都不能辦理。其實因為土地的原因，一切和官方有關的金融功能幾乎為零，也就是如果購房者買了小產權房子，不僅不能向銀行貸款，還不可以抵押，不可以按揭，也不可以到房管局去過戶，理論上不可以買賣，如果要私下買賣，也只有一紙合同或者協議而已，沒有房產證。
3、易出問題、維權難
購房者如果購買了小產權房，并和開發商簽訂合同并交付房款后，遇到政府整頓小產權房，那么可導致部分項目停建甚至被強迫拆除。購房人會面臨既無法取得房屋，又不能及時索回房款的尷尬境地。
就算小產權房的項目順利建成交工，購房者也有可能面臨其它問題。這是因為小產權房不受法律認可，也不用在房管部門備案，不在政府機構監管范圍內。一些小產權房開發商為了賺錢會偷工減料，存在質量平安隱患。在使用房屋的過程中，如果購房者遇到一些房屋質量問題、公共設施維護問題，維權途徑非常有限。
4、物業和其它權益得不到保障
大多數小產權房所在的小區管理可能跟不上現代化的管理模式，因此物業服務得不到保障。除此之外，購房者在購得小產權房后，一旦遇到政府征地拆遷，由于小產權房并沒有國家頒發的房產證，因此，購房者也就并非合法的產權人，也就無法獲得相應的拆遷補償。
5、拆遷補償難、質量沒保證
由于小產權房沒有房屋合法所有人，無法對抗國家的征地和拆遷，購房者將來遇到拆遷，將很難得到補償。若小產權房屋違反國家政策被強拆，購房人可能面臨既無法取得房屋，又不能索回房款的尷尬局面。另外，現在不少的開發商在建設小產權房屋時，因職能部門監管不力，為賺錢而對房屋使用的材料進行偷工減料，存在嚴重安全隱患。

小產權房不能進行公證，公證的基礎是要合法。而小產權是國家不認可的，更不能上市交易的，因此公證處自然是不能做這種公證的，即使做了國家也是不認可的。《中華人民共和國土地管理法》第九條 城市市區的土地屬于國家所有。農村和城市郊區的土地，除由法律規定屬于國家所有的以外，屬于農民集體所有;宅基地和自留地、自留山，屬于農民集體所有。《中華人民共和國土地管理法》第六十二條農村村民一戶只能擁有一處宅基地，其宅基地的面積不得超過省、自治區、直轄市規定的標準。人均土地少、不能保障一戶擁有一處宅基地的地區，縣級人民政府在充分尊重農村村民意愿的基礎上，可以采取措施，按照省、自治區、直轄市規定的標準保障農村村民實現戶有所居。農村村民建住宅，應當符合鄉(鎮)土地利用總體規劃、村莊規劃，不得占用永久基本農田，并盡量使用原有的宅基地和村內空閑地。編制鄉(鎮)土地利用總體規劃、村莊規劃應當統籌并合理安排宅基地用地，改善農村村民居住環境和條件。農村村民住宅用地，由鄉(鎮)人民政府審核批準;其中，涉及占用農用地的，依照本法第四十四條的規定辦理審批手續。農村村民出賣、出租、贈與住宅后，再申請宅基地的，不予批準。國家允許進城落戶的農村村民依法自愿有償退出宅基地，鼓勵農村集體經濟組織及其成員盤活利用閑置宅基地和閑置住宅。國務院農業農村主管部門負責全國農村宅基地改革和管理有關工作。《城市房地產轉讓管理規定》第六條 下列房地產不得轉讓：(一)以出讓方式取得土地使用權但不符合本規定第十條規定的條件的;(二)司法機關和行政機關依法裁定，決定查封或者以其他形式限制房地產權利的;(三)依法收回土地使用權的;(四)共有房地產，未經其他共有人書面同意的;(五)權屬有爭議的;(六)未依法登記領取權屬證書的;(七)法律、行政法規規定禁止轉讓的其他情形。《中華人民共和國公證法》第三十一條 有下列情形之一的，公證機構不予辦理公證：(一)無民事行為能力人或者限制民事行為能力人沒有監護人代理申請辦理公證的;(二)當事人與申請公證的事項沒有利害關系的;(三)申請公證的事項屬專業技術鑒定、評估事項的;(四)當事人之間對申請公證的事項有爭議的;(五)當事人虛構、隱瞞事實，或者提供虛假證明材料的;(六)當事人提供的證明材料不充分或者拒絕補充證明材料的;(七)申請公證的事項不真實、不合法的;(八)申請公證的事項違背社會公德的;(九)當事人拒絕按照規定支付公證費的。