妨害傳染病防治罪的處罰：應當處三年以下有期徒刑或者拘役；后果特別嚴重的，應當處三年以上七年以下有期徒刑。本罪是指違反傳染病防治法規定，引起甲類傳染病傳播或者有傳播嚴重危險的行為。
【法律依據】
《刑法》第三百三十條
違反傳染病防治法的規定，有下列情形之一，引起甲類傳染病以及依法確定采取甲類傳染病預防、控制措施的傳染病傳播或者有傳播嚴重危險的，處三年以下有期徒刑或者拘役；后果特別嚴重的，處三年以上七年以下有期徒刑：
（一）供水單位供應的飲用水不符合國家規定的衛生標準的；
（二）拒絕按照疾病預防控制機構提出的衛生要求，對傳染病病原體污染的污水、污物、場所和物品進行消毒處理的；
（三）準許或者縱容傳染病病人、病原攜帶者和疑似傳染病病人從事國務院衛生行政部門規定禁止從事的易使該傳染病擴散的工作的；
（四）出售、運輸疫區中被傳染病病原體污染或者可能被傳染病病原體污染的物品，未進行消毒處理的；
（五）拒絕執行縣級以上人民政府、疾病預防控制機構依照傳染病防治法提出的預防、控制措施的。

《刑法》第三百三十條：違反傳染病防治法的規定，有下列情形之一，引起甲類傳染病傳播或者有傳播嚴重危險的，處三年以下有期徒刑或者拘役；后果特別嚴重的，處三年以上七年以下有期徒刑：（一）供水單位供應的飲用水不符合國家規定的衛生標準的；（二）拒絕按照衛生防疫機構提出的衛生要求，對傳染病病原體污染的污水、污物、糞便進行消毒處理的；（三）準許或者縱容傳染病病人、病原攜帶者和疑似傳染病病人從事國務院衛生行政部門規定禁止從事的易使該傳染病擴散的工作的；（四）拒絕執行衛生防疫機構依照傳染病防治法提出的預防、控制措施的。單位犯前款罪的，對單位判處罰金，并對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照前款的規定處罰。甲類傳染病的范圍，依照《中華人民共和國傳染病防治法》和國務院有關規定確定。
【法律依據】
《中華人民共和國刑法》
第三百三十條違反傳染病防治法的規定，有下列情形之一，引起甲類傳染病以及依法確定采取甲類傳染病預防、控制措施的傳染病傳播或者有傳播嚴重危險的，處三年以下有期徒刑或者拘役；后果特別嚴重的，處三年以上七年以下有期徒刑：
（一）供水單位供應的飲用水不符合國家規定的衛生標準的；
（二）拒絕按照疾病預防控制機構提出的衛生要求，對傳染病病原體污染的污水、污物、場所和物品進行消毒處理的；
（三）準許或者縱容傳染病病人、病原攜帶者和疑似傳染病病人從事國務院衛生行政部門規定禁止從事的易使該傳染病擴散的工作的；
（四）出售、運輸疫區中被傳染病病原體污染或者可能被傳染病病原體污染的物品，未進行消毒處理的；
（五）拒絕執行縣級以上人民政府、疾病預防控制機構依照傳染病防治法提出的預防、控制措施的。
單位犯前款罪的，對單位判處罰金，并對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照前款的規定處罰。
甲類傳染病的范圍，依照《中華人民共和國傳染病防治法》和國務院有關規定確定。