可以通過協商或者訴訟兩種方式進行。
協商離婚需要雙方達成一致意見，簽署離婚協議書并到婚姻登記機關辦理離婚手續；而訴訟離婚則是一方起訴至法院，通過法院審理后作出判決來實現離婚。
一、協商離婚
對于已經分居六年的夫妻，如果雙方能夠就離婚事宜達成一致意見，可以選擇協商離婚。協商離婚需要雙方簽署離婚協議書，明確雙方財產分割、子女撫養等事項，并到婚姻登記機關辦理離婚手續。在簽署離婚協議書時，建議雙方尋求專業律師的協助，確保協議內容合法、公正。
二、訴訟離婚
如果雙方無法就離婚事宜達成一致意見，或者一方不同意離婚，那么可以選擇訴訟離婚。訴訟離婚需要一方起訴至法院，提交相關證據和材料，法院將依法審理并作出判決。在訴訟離婚過程中，法院會考慮夫妻雙方的意見和證據，以及子女的利益等因素，作出公正的判決。
需要注意的是，無論是協商離婚還是訴訟離婚，都需要滿足法律規定的離婚條件。例如，雙方感情確已破裂、無法繼續共同生活等。此外，離婚過程中還需要注意財產分割、子女撫養等問題，確保雙方權益得到保障。
綜上所述：
分居六年想要離婚，可以選擇協商離婚或訴訟離婚兩種方式。協商離婚需要雙方達成一致意見并簽署離婚協議書，而訴訟離婚則需要通過法院審理后作出判決。在離婚過程中，需要注意滿足法律規定的離婚條件，并妥善處理財產分割、子女撫養等問題。
法律依據：
《中華人民共和國婚姻法》
第三十二條規定：
男女一方要求離婚的，可由有關部門進行調解或直接向人民法院提出離婚訴訟。
人民法院審理離婚案件，應當進行調解；如感情確已破裂，調解無效，應準予離婚。
《中華人民共和國婚姻法》
第三十九條規定：
離婚時，夫妻的共同財產由雙方協議處理；協議不成時，由人民法院根據財產的具體情況，照顧子女和女方權益的原則判決。
夫或妻在家庭土地承包經營中享有的權益等，應當依法予以保護。

常年分居，離婚手續需依據選擇的離婚途徑決定。
如選訴訟途徑，具體步驟如下：
（1）一方可撰寫起訴書并向被告所在地或常居地法院遞交；
（2）法院審核后，七日內決定是否立案，若立案，則向被告發放訴狀，被告有權回應；
（3）原告收到立案通知后須繳納訴訟費用；
（4）調停階段，若成功，無需再行審判；
（5）若調停失敗，則法庭將進行審判；
（6）最后，若法官斷定雙方婚姻已經破裂，則判準離婚；
否則，駁回請求。
若雙方均同意離婚，可選擇協議離婚，具體流程為：
（1）雙方就離婚事宜達成共識，包括財產分配和子女撫養等問題，并擬定離婚協議；
（2）雙方親自前往婚姻登記機關提交離婚申請；
（3）經過離婚冷靜期，即自申請之日起三十日內，任何一方反悔，可撤回申請；
（4）三十日后，雙方應再次前往婚姻登記機關領取離婚證書；
（5）若未申請，則視為撤回申請；
（6）婚姻登記機關確認雙方確屬自愿離婚且已妥善解決子女撫養、財產及債務等問題后，予以登記，頒發離婚證書。

分居兩年起訴離婚的方式如下：
1、對于分居多久才可以離婚，法律是沒有規定，不論分居多長時間，如果雙方都不提出離婚，婚姻不會自動解除的；
2、依據我國法律規定，雙方感情破裂，可以直接辦理離婚手續，如果雙方對財產分割、子女撫養等達不成一致意見的，可起訴到法院離婚；
3、如果起訴到法院離婚，分居滿2年且夫妻雙方感情不合，法院會支持離婚。手續辦理流程：
（1）申請。協議離婚必須雙方親自到一方戶口所在地的婚姻登記管理機關申請，不得委托他人代理。申請時各方應持戶口證明、居民身份證明、所在單位或村、居民委員會出具的介紹信、離婚協議書、結婚證等，以便登記管理機關查明當事人身份，確定管轄權。
（2）審查。婚姻登記管理機關在受理當事人的離婚登記申請后，應當在一個月內進行審查，在審查過程中，應全面了解協議的內容，尤其是注意雙方當事人請求離婚的意思表示是否真實，子女撫養、夫妻一方的生活困難幫助、分割財產及債務處理等事項是否合適。
（3）登記。婚姻登記管理機關審查后，對符合離婚條件的，應予登記，發給離婚證，注銷結婚證；對于不符合法定條件不予登記的，應以書面形式說明不予登記的理由，夫妻關系從當事人領取離婚證時起解除。離婚的當事人一方不按照離婚協議履行應盡義務的，另一方可以向人民法院提起民事訴訟。
（4）撤銷。申請離婚的當事人弄虛作假、騙取離婚登記的，婚姻登記管理機關應當撤銷離婚登記，對離婚的當事人宣布其解除婚姻關系無效并收回離婚證，并對當事人處以200元以下的罰款。如果當事人認為其符合離婚條件，可以依法申請行政復議，對復議決定不服，可以依法提起行政訴訟。
【法律依據】：
《中華人民共和國民法典》第一千零七十九條
夫妻一方要求離婚的，可以由有關組織進行調解或者直接向人民法院提起離婚訴訟。
人民法院審理離婚案件，應當進行調解；如果感情確已破裂，調解無效的，應當準予離婚。
有下列情形之一，調解無效的，應當準予離婚：
（一）重婚或者與他人同居；
（二）實施家庭暴力或者虐待、遺棄家庭成員；
（三）有賭博、吸毒等惡習屢教不改；
（四）因感情不和分居滿二年；
（五）其他導致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失蹤，另一方提起離婚訴訟的，應當準予離婚。
經人民法院判決不準離婚后，雙方又分居滿一年，一方再次提起離婚訴訟的，應當準予離婚。